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公開番号2024105344
公報種別公開特許公報(A)
公開日2024-08-06
出願番号2024070994,2021531836
出願日2024-04-25,2019-12-18
発明の名称多量体T細胞調節ポリペプチド及びその使用方法
出願人キューバイオファーマ, インコーポレイテッド
代理人個人,個人,個人,個人,個人,個人,個人,個人,個人,個人
主分類C07K 19/00 20060101AFI20240730BHJP(有機化学)
要約【課題】T細胞調節ポリペプチド及びその使用を提供する。
【解決手段】免疫調節ポリペプチド、エピトープ提示ペプチド、及びクラスI MHCポリペプチドを含む、T細胞調節多量体ポリペプチドを提供する。T細胞調節多量体ポリペプチドは、T細胞の活性の調節、及び個体における免疫応答の調節に有用である。
【選択図】なし
特許請求の範囲【請求項１】
ａ）以下：
ｉ）がん関連ペプチドエピトープであって、前記ペプチドエピトープが８アミノ酸から１６アミノ酸の長さを有する、がん関連ペプチドエピトープと、
ｉｉ）β２－ミクログロブリン（β２Ｍ）ポリペプチドと、
ｉｉｉ）前記がん関連ペプチドエピトープと前記β２Ｍポリペプチドとの間に配置された、Ｃｙｓを含むリンカーと
を含む、第１のポリペプチド、及び
ｂ）以下：
ｉ）ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドと、
ｉｉ）少なくとも１つの活性化免疫調節ポリペプチドと、
ｉｉｉ）免疫グロブリン（Ｉｇ）Ｆｃポリペプチドと
を含む、第２のポリペプチド、
を含む、少なくとも１つのヘテロ二量体
を含む、Ｔ細胞調節多量体ポリペプチドであって、
前記少なくとも１つのヘテロ二量体が、少なくとも第１のジスルフィド結合および第２のジスルフィド結合を含み、前記第１のジスルフィド結合が、（ｉ）前記ペプチドエピトープと前記β２Ｍポリペプチドとの間の、Ｃｙｓを含むリンカー内のＣｙｓ残基と、（ｉｉ）前記ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチド内のＣｙｓ残基との間で形成され、かつ前記第２のジスルフィド結合が、前記β２Ｍポリペプチド内のＣｙｓ残基と前記ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチド内のＣｙｓ残基との間に形成され、かつ
前記Ｔ細胞調節多量体ポリペプチドが、１つ以上の追加のリンカーを含み、かつ前記１つ以上のリンカーが、１つ以上の以下の成分の間に配置され、
ｉ）前記ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドと前記ＩｇＦｃポリペプチド、
ｉｉ）活性化免疫調節ポリペプチドと前記ＭＨＣクラスＩポリペプチド、
ｉｉｉ）ＩｇＦｃポリペプチドと活性化免疫調節ポリペプチド、及び
ｉｖ）前記Ｔ細胞調節多量体ポリペプチドが２つ以上の活性化免疫調節ポリペプチドを含む場合、前記活性化免疫調節ポリペプチドの間、かつ
前記ペプチドエピトープが、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）抗原、αフェトタンパク質（ＡＦＰ）抗原、及びウィルムス腫瘍－１（ＷＴ１）抗原のペプチドエピトープ以外である、Ｔ細胞調節多量体ポリペプチド。
続きを表示（約 1,500 文字）【請求項２】
ａ）前記第１のポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に、
ｉ）前記ペプチドエピトープ、
ｉｉ）前記Ｃｙｓを含むリンカー、及び
ｉｉｉ）前記β２－ミクログロブリンポリペプチド
を含み、かつ
ｂ）前記第２のポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に、
ｉ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチド、
ｉｉ）前記ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチド、及び
ｉｉｉ）ＩｇＦｃポリペプチド
を含み、
前記第２のポリペプチドの１つ以上の成分の間に１つ以上の独立に選択されるリンカーを含む、
請求項１に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
【請求項３】
ａ）前記第１のポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に、
ｉ）前記ペプチドエピトープ、
ｉｉ）前記Ｃｙｓを含むリンカー、及び
ｉｉｉ）前記β２－ミクログロブリンポリペプチド
を含み、かつ
ｂ）前記第２のポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に、
ｉ）前記ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチド
ｉｉ）ＩｇＦｃポリペプチド、及び
ｉｉｉ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチド
を含み、
前記第２のポリペプチドの１つ以上の成分の間に１つ以上の独立に選択されるリンカーを含む、
請求項２に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
【請求項４】
前記少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドが、サイトカイン、４－１ＢＢＬポリペプチド、ＩＣＯＳ－Ｌポリペプチド、ＯＸ－４０Ｌポリペプチド、ＣＤ８０ポリペプチド、ＣＤ８６ポリペプチド、ＣＤ４０ポリペプチド、ＣＤ７０ポリペプチド、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項１～３のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
【請求項５】
前記少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドがＩＬ－２ポリペプチドである、請求項１～４のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
【請求項６】
前記免疫調節ポリペプチドが、ＩＬ－２受容体に対し、野生型ＩＬ－２ポリペプチドの前記ＩＬ－２受容体に対する親和性に比べて低い親和性を示す、バリアント型ＩＬ－２ポリペプチドである、請求項５に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
【請求項７】
前記バリアント型ＩＬ－２ポリペプチドが、Ｈ１６及びＦ４２におけるアミノ酸置換を含み、前記アミノ酸ナンバリングがＳＥＱＩＤＮＯ：１５に記載のアミノ酸配列に基づく、請求項６に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
【請求項８】
前記バリアント型ＩＬ－２ポリペプチドが、Ｈ１６Ａ置換及びＦ４２Ａ置換を含み、前記アミノ酸ナンバリングがＳＥＱＩＤＮＯ：１５に記載のアミノ酸配列に基づく、請求項７に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
【請求項９】
前記多量体ポリペプチドが少なくとも２つの免疫調節ポリペプチドを含み、前記免疫調節ポリペプチドのうちの少なくとも２つが同じであり、前記２つ以上の免疫調節ポリペプチドがタンデムに存在する、請求項１～８のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
【請求項１０】
前記ＩｇＦｃポリペプチドが、ＳＥＱＩＤＮＯ：４５７～４６０のいずれか１つに記載のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％のアミノ酸配列同一性を有する、請求項１～９のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
（【請求項１１】以降は省略されています）
発明の詳細な説明【技術分野】
【０００１】
相互参照
本出願は、２０１８年１２月１９日に出願された米国仮特許出願第６２／７８２，２０５号、及び２０１９年３月６日に出願された米国仮特許出願第６２／８１４，７０７号の利益を主張し、これらの出願はその全体が参照により本明細書に援用される。
続きを表示（約 6,000 文字）【背景技術】
【０００２】
序文
適応免疫応答は、主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ、ヒトにおいてはヒト白血球抗原（ＨＬＡ）複合体とも呼ばれる）による、Ｔ細胞の表面上に存在するＴ細胞受容体（ＴＣＲ）の、抗原提示細胞（ＡＰＣ）の表面上に非共有提示された低分子ペプチド抗原との結合によって行われる。この結合は免疫系の標的化機構を表し、Ｔ細胞調節（活性化または抑制）とエフェクター機能に必要不可欠な分子相互作用である。エピトープ特異的な細胞標的化に続き、標的化Ｔ細胞は、ＡＰＣ上に存在する共刺激タンパク質の、Ｔ細胞上の対応共刺激タンパク質との結合により活性化される。エピトープ／ＴＣＲ結合と、ＡＰＣ共刺激タンパク質のＴ細胞共刺激タンパク質との結合の両方のシグナルは、Ｔ細胞の特異性及び活性化または抑制を駆動するのに必要とされる。ＴＣＲは任意のエピトープに特異的であるが、共刺激タンパク質はエピトープ特異的ではなく、その代わりに、全てのＴ細胞上または多くのＴ細胞サブセット上に概ね発現している。
【発明の概要】
【０００３】
概要
本開示は、免疫調節ポリペプチド、クラスＩＨＬＡポリペプチド（クラスＩＨＬＡ重鎖ポリペプチド及びβ２ミクログロブリンポリペプチド）、及びＴ細胞受容体にエピトープを提示するペプチドを含む、Ｔ細胞調節多量体ポリペプチド（ＴＭＭＰ）を提供する。ＴＭＭＰは、Ｔ細胞の活性を調節するのに、及び個体における免疫応答を調節するのに有用である。
[本発明1001]
ａ）以下：
ｉ）ペプチドエピトープであって、前記ペプチドが少なくとも4アミノ酸の長さを有する、ペプチドエピトープと、
ｉｉ）第1の主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）ポリペプチドと
を含む、第1のポリペプチド、
ｂ）第2のＭＨＣポリペプチドを含む、第2のポリペプチド、及び
ｃ）少なくとも1つの免疫調節ポリペプチド
を含む、少なくとも1つのヘテロ二量体
を含む、Ｔ細胞調節多量体ポリペプチド。
[本発明1002]
前記少なくとも1つの免疫調節ポリペプチドのうちの少なくとも1つが、同種共免疫調節ポリペプチドに対して、対応する野生型免疫調節ポリペプチドの前記同種共免疫調節ポリペプチドに対する親和性に比べて低い親和性を示す、バリアント型免疫調節ポリペプチドであり、
前記エピトープが、Ｔ細胞上のＴ細胞受容体（ＴＣＲ）に少なくとも10
－7
Ｍの親和性で結合し、それにより、
ｉ）前記Ｔ細胞調節多量体ポリペプチドが、第1のＴ細胞に対して、前記Ｔ細胞調節多量体ポリペプチドが第2のＴ細胞に結合する親和性に比べて少なくとも25％高い親和性で結合し、
前記第1のＴ細胞がその表面に、前記同種共免疫調節ポリペプチドと、少なくとも10
－7
Ｍの親和性で前記エピトープに結合するＴＣＲとを発現し、
前記第2のＴ細胞がその表面に、前記同種共免疫調節ポリペプチドを発現するが、少なくとも10
－7
Ｍの親和性で前記エピトープに結合するＴＣＲをその表面に発現せず、及び／または
ｉｉ）同種共免疫調節ポリペプチドに対する、野生型免疫調節ポリペプチドを含む対照Ｔ細胞調節多量体ポリペプチドの結合親和性と、前記同種共免疫調節ポリペプチドに対する、前記野生型免疫調節ポリペプチドのバリアント型を含む前記Ｔ細胞調節多量体ポリペプチドの前記結合親和性との比が、バイオレイヤー干渉法によって測定した際に、1．5：1～10
6
：1の範囲にある、
本発明1001のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
[本発明1003]
ａ）前記Ｔ細胞調節多量体ポリペプチドが、前記第1のＴ細胞に対し、前記第2のＴ細胞に結合する親和性に比べて、少なくとも50％、少なくとも2倍、少なくとも5倍、または少なくとも10倍高い親和性で結合し、及び／または
ｂ）前記バリアント型免疫調節ポリペプチドが、約10
－4
Ｍ～約10
－7
Ｍ、約10
－4
Ｍ～約10
－6
Ｍ、約10
－4
Ｍ～約10
－5
Ｍの親和性で前記共免疫調節ポリペプチドに結合し、及び／または
ｃ）同種共免疫調節ポリペプチドに対する、野生型免疫調節ポリペプチドを含む対照Ｔ細胞調節多量体ポリペプチドの前記結合親和性と、前記同種共免疫調節ポリペプチドに対する、前記野生型免疫調節ポリペプチドのバリアント型を含む前記Ｔ細胞調節多量体ポリペプチドの前記結合親和性との比が、バイオレイヤー干渉法によって測定した際に、少なくとも10：1、少なくとも50：1、少なくとも10
2
：1、または少なくとも10
3
：1である、
本発明1002のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
[本発明1004]
ａ1）前記第1のポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に、
ｉ）前記ペプチドエピトープ、
ｉｉ）前記第1のＭＨＣポリペプチド、及び
ｉｉｉ）少なくとも1つの免疫調節ポリペプチド
を含み、かつ
ｂ1）前記第2のポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に、
ｉ）前記第2のＭＨＣポリペプチド、及び
ｉｉ）免疫グロブリン（Ｉｇ）Ｆｃポリペプチド
を含むか；または
ａ2）前記第1のポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に、
ｉ）前記ペプチドエピトープ、及び
ｉｉ）前記第1のＭＨＣポリペプチド
を含み、かつ
【図面の簡単な説明】
【０００４】
本開示の様々なＴＭＭＰの概略図である。
図１－１の説明を参照。
本開示の様々なジスルフィド結合ＴＭＭＰの概略図である。
図２－１の説明を参照。
免疫グロブリンＦｃポリペプチドのアミノ酸配列を示す。Ａ～Ｇの配列を、それぞれ、ＳＥＱＩＤＮＯ：４４９～４６０に示す。
図３－１の説明を参照。
図３－１の説明を参照。
図３－１の説明を参照。
ヒト（Ｈｏｍｏｓａｐｉｅｎｓ）（ＮＰ＿００４０３９．１；ＳＥＱＩＤＮＯ：１９）、チンパンジー（Ｐａｎｔｒｏｇｌｏｄｙｔｅｓ）（ＮＰ＿００１００９０６６．１；ＳＥＱＩＤＮＯ：１９）、アカゲザル（Ｍａｃａｃａｍｕｌａｔｔａ）（ＮＰ＿００１０４０６０２．１；ＳＥＱＩＤＮＯ：２０）、ウシ（Ｂｏｓｔａｕｒｕｓ）（ＮＰ＿７７６３１８．１；ＳＥＱＩＤＮＯ：２１）及びマウス（Ｍｕｓｍｕｓｃｕｌｕｓ）（ＮＰ＿０３３８６５．２；ＳＥＱＩＤＮＯ：２２）由来のβ－２ミクログロブリン（β２Ｍ）前駆体（すなわち、リーダー配列を含む）の複数のアミノ酸配列アラインメントを示す。アミノ酸１～２０はシグナルペプチドである。
対立遺伝子Ａ
＊
０１０１（ＳＥＱＩＤＮＯ：２３）、Ａ
＊
１１０１（ＳＥＱＩＤＮＯ：２４）、Ａ
＊
２４０２（ＳＥＱＩＤＮＯ：２５）及びＡ
＊
３３０３（ＳＥＱＩＤＮＯ：２６）の全長ヒトＨＬＡ重鎖（Ａ）、対立遺伝子Ｂ
＊
０７０２の全長ヒトＨＬＡ重鎖（ＳＥＱＩＤＮＯ：２７）（Ｂ）、ならびに全長ヒトＨＬＡ－Ｃ重鎖（ＳＥＱＩＤＮＯ：２８）（Ｃ）のアミノ酸配列を示す。
図５－１の説明を参照。
リーダー配列、膜貫通ドメイン、及び細胞内ドメインを除いた、１１種の成熟ＭＨＣクラスＩ重鎖アミノ酸配列のアラインメントを示す。上から順に、ＳＥＱＩＤＮＯ：４１～５１である。
図６－１の説明を参照。
ＨＬＡ－Ａ重鎖アミノ酸配列（それぞれ、ＳＥＱＩＤＮＯ：１９８～２０６）のアラインメントを示す。
図７Ａ－１の説明を参照。
ＨＬＡ－Ａ重鎖のコンセンサス配列（ＳＥＱＩＤＮＯ：２９）を示す。
ＨＬＡ－Ｂ重鎖アミノ酸配列（それぞれ、ＳＥＱＩＤＮＯ：２０７～２１３）のアラインメントを示す。
図８Ａ－１の説明を参照。
ＨＬＡ－Ｂ重鎖のコンセンサス配列（ＳＥＱＩＤＮＯ：３０）を示す。
ＨＬＡ－Ｃ重鎖アミノ酸配列（それぞれ、ＳＥＱＩＤＮＯ：２１４～２２２）のアラインメントを示す。
図９Ａ－１の説明を参照。
ＨＬＡ－Ｃ重鎖のコンセンサス配列（ＳＥＱＩＤＮＯ：３１）を示す。
ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｆ、及びＨＬＡ－Ｇ重鎖のそれぞれについてのコンセンサスアミノ酸配列（それぞれ、ＳＥＱＩＤＮＯ：３２～３４）を示す。可変アミノ酸（ａａ）の位置を、連続番号を付した「Ｘ」残基として示す。アミノ酸８４、１３９、及び２３６の位置には二重下線を引いている。
ＨＬＡ－Ａ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３５）、ＨＬＡ－Ｂ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３６）、ＨＬＡ－Ｃ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３７）、ＨＬＡ－Ｅ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３８）、ＨＬＡ－Ｆ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３９）、及びＨＬＡ－Ｇ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４０）のコンセンサスアミノ酸配列のアラインメントを示す。
本開示の多重ジスルフィド結合ＴＭＭＰの概略図を示す。
図１２－１の説明を参照。
本開示のジスルフィド結合ＴＭＭＰの構成の例の概略図を示す。
図１３－１の説明を参照。
本開示のＴＭＭＰにおける免疫調節ポリペプチドの位置の例の概略図を示す。
【発明を実施するための形態】
【０００５】
定義
用語「ポリヌクレオチド」及び「核酸」は、本明細書において同じ意味で用いられ、任意の長さを有するヌクレオチドのポリマー形態（リボヌクレオチドまたはデオキシリボヌクレオチドのいずれか）のことを意味する。それゆえ、この用語は、一本鎖、二本鎖、もしくは多本鎖のＤＮＡもしくはＲＮＡ、ゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ＤＮＡ－ＲＮＡハイブリッド、または、プリン塩基及びピリミジン塩基、もしくは、その他の天然ヌクレオチド塩基、化学的に修飾したヌクレオチド塩基もしくは生化学的に修飾したヌクレオチド塩基、非天然ヌクレオチド塩基、もしくは誘導体化されたヌクレオチド塩基を含むポリマー、を含むがこれらに限定されない。
【０００６】
用語「ペプチド」、「ポリペプチド」及び「タンパク質」は、本明細書において同じ意味で用いられ、任意の長さを有するアミノ酸のポリマー形態のことを意味し、コード及び非コードアミノ酸、化学的にもしくは生化学的に修飾もしくは誘導体化されたアミノ酸、及び、修飾ペプチド主鎖を有するポリペプチドを含んでいてもよい。
【０００７】
ポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、別のポリヌクレオチドまたはポリペプチドに対する特定のパーセント「配列同一性」を有し、そのことは、アラインして２つの配列を比較する際に、塩基またはアミノ酸のパーセンテージが同一であり、同一の相対位置にあることを意味する。配列同一性については多数の異なる方法を用いて測定することができる。配列同一性を測定するために、様々な簡便な方法、及び、ｗｏｒｌｄｗｉｄｅｗｅｂにおいて、ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｌｉ．ｇｏｖ／ＢＬＡＳＴ、ｅｂｉ．ａｃ．ｕｋ／Ｔｏｏｌｓ／ｍｓａ／ｔｃｏｆｆｅｅ／、ｅｂｉ．ａｃ．ｕｋ／Ｔｏｏｌｓ／ｍｓａ／ｍｕｓｃｌｅ／、ｍａｆｆｔ．ｃｂｒｃ．ｊｐ／ａｌｉｇｎｍｅｎｔ／ｓｏｆｔｗａｒｅ／を含むサイトで利用可能なコンピュータプログラム（例えば、ＢＬＡＳＴ、Ｔ－ＣＯＦＦＥＥ、ＭＵＳＣＬＥ、ＭＡＦＦＴなど）を使用して配列をアラインしてもよい。例えば、Ａｌｔｓｃｈｕｌｅｔａｌ．（１９９０），Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｉ．２１５：４０３－１０を参照されたい。
【０００８】
用語「保存的アミノ酸置換」とは、類似した側鎖を有するアミノ酸残基のタンパク質における互換性のことを意味する。例えば、脂肪族側鎖を有するアミノ酸の基は、グリシン、アラニン、バリン、ロイシン、及びイソロイシンから構成され、脂肪族ヒドロキシル側鎖を有するアミノ酸の基はセリン及びスレオニンから構成され、アミド含有側鎖を有するアミノ酸の基はアスパラギン及びグルタミンから構成され、芳香族側鎖を有するアミノ酸の基は、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンから構成され、塩基性側鎖を有するアミノ酸の基は、リジン、アルギニン、及びヒスチジンから構成され、酸性側鎖を有するアミノ酸の基はグルタミン酸及びアスパラギン酸から構成され、硫黄含有側鎖を有するアミノ酸の基はシステイン及びメチオニンから構成される。例示的な保存的アミノ酸置換基は、バリン－ロイシン－イソロイシン、フェニルアラニン－チロシン、リジン－アルギニン、アラニン－バリン－グリシン、及びアスパラギン－グルタミンである。
【０００９】
本明細書で使用する場合、用語「免疫学的シナプス」または「免疫シナプス」とは一般に、適応免疫応答の２つの相互作用する免疫細胞間の自然境界面（例えば、抗原提示細胞（ＡＰＣ）または標的細胞と、エフェクター細胞（例えば、リンパ球）、エフェクターＴ細胞、ナチュラルキラー細胞などの間の境界面を含む）のことを意味する。ＡＰＣとＴ細胞の間の免疫学的シナプスは通常、例えば、Ｂｒｏｍｌｅｙｅｔａｌ．，ＡｎｎｕＲｅｖＩｍｍｕｎｏｌ．２００１；１９：３７５－９６（その開示全体は参照により本明細書に組み込まれる）に記載されているように、Ｔ細胞抗原受容体と主要組織適合遺伝子複合体分子の相互作用によって開始される。
【００１０】
「Ｔ細胞」は、ＣＤ３を発現する全てのタイプの免疫細胞を含み、例えば、ヘルパーＴ細胞（ＣＤ４
＋
細胞）、細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＤ８
＋
細胞）、Ｔ抑制細胞（Ｔｒｅｇ）、及びＮＫ－Ｔ細胞を含む。
（【００１１】以降は省略されています）

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