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公開番号2025077938
公報種別公開特許公報(A)
公開日2025-05-19
出願番号2024014465
出願日2024-02-01
発明の名称SNP分子で標識されたHu羊純血種の評価方法
出願人浙江大学,ZHEJIANG UNIVERSITY
代理人個人
主分類C12Q 1/68 20180101AFI20250512BHJP(生化学;ビール;酒精;ぶどう酒;酢;微生物学;酵素学;突然変異または遺伝子工学)
要約【課題】SNP分子で標識されたHu羊純血種の評価方法を提供する。
【解決手段】群体レベルのハイスループットデータを利用してHu羊や小尾Han羊、ドーパー羊およびドーパー羊とHu羊との雑交群体に対する完全ゲノム範囲内の遺伝的変異検出を行い、生物情報学的方法でHu羊専属の遺伝特徴を鑑定することによって、Hu羊純血種を鑑定する評価方法である。前記方法によりHu羊の品種資源保護や開発および利用に科学的根拠が提供される。
【選択図】図1
特許請求の範囲【請求項１】
１）ハイスループットシーケンシング方法でＨｕ羊群体の特定群体頻度を有する候補遺
伝的変異を鑑定して、Ｈｕ羊とその他の群体遺伝的変異との頻度を比較することによって
、採点方法を作成するとともに、シーケンシングを行い、羊群れ中に存在する遺伝的変異
の各種指標によって純血種評価モデルを作成し、さらにモデル結果によって遺伝標識候補
セットを提供し、部位プライマーのデザインおよび部位ゲノムの連鎖状況によって３０個
の遺伝的標識部位を選んでＨｕ羊純血種の鑑定に使用する段階；
２）段階１）から得た３０個の遺伝的標識部位をＳeｑｕｅｎｏｍＳＮＰサブタイピ
ング検出方法を用いて、ｐｌｉｎｋソフトによってサブタイピングされたＳＰＮデータを
利用してＩＢＳ分数を算出し、前記ＩＢＳは状態ホモロジーであり、１６個のＩＢＳと著
しく関連する遺伝的標識部位を得る段階；および
３）Ｒ言語に基づき、多変量線形回帰分析モデルを利用し、そのうち、独立変数は１６
個の異なる遺伝子タイプの遺伝的標識部位であり、従属変数は特定のＩＢＳ分数であって
、純血種評価モデルを作成することによって、候補のＨｕ羊純血種群体に対する純血種鑑
定を行う段階を含み、
前記遺伝標識候補セットはANO10遺伝子とPDLIM5遺伝子を含み、
段階１）において、前記３０個の遺伝標識部位はP64757122、P18235445、P83818961、P
83818969、P55276319、P55384071、P17642678、P17644657、P74169717、P19203813、P646
29274、P64629764、P64630486、P69523858、P15346217、P15347178、P15347396、P101963
616、P103941154、P50147220、P50194226、P6840723、P223703680、P37184275、P2994929
9、P30659550、P30778083、P44863176、P90333029およびP5313717を含み、
段階２）において、前記１６個のＩＢＳと著しく関連する遺伝標識部位はP30659550、P
15347396、P37184275、P223703680、P15346217、P55384071、P19203813、P64757122、P64
630486、P64629274、P50194226、P15347178、P74169717、P90333029、P69523858およびP1
8235445を含み、
段階２）において、ＩＢＳが大きければ大きいほど、二つの個体の遺伝関係が近いこと
を表明する、
ことを特徴とするＳＰＮ分子で標識されたＨｕ羊純血種の評価方法。
続きを表示（約 690 文字）【請求項２】
前記段階３）において、前記作成された純血種評価モデルはＩＢＳ係数を利用してＨｕ
羊個体間の遺伝関係を評価し、ある個体がＨｕ羊代表性模擬個体に対するＩＢＳ係数およ
びZscore転化を再シーケンシングした計算結果は、ＩＢＳ展示およびZscore転化を通じて
、Zscore転化後のＩＢＳ係数を知ることができ、Ｈｕ羊とその他の品種を良く区分するこ
とができる。Zscore＞0である場合、Ｈｕ羊純血種の判別基準と認められる、ことを特徴
とする請求項１に記載のＳＰＮ分子で標識されたＨｕ羊純血種の評価方法。
【請求項３】
段階１）において、前記純血種評価モデル中に用いる複数の指標は、Ｈｕ羊群体変異検
出率、Ｈｕ羊群体変異頻度、他の羊の群体内変異頻度、機能エリアに位置する特徴、LD-S
NPs個数および変異塩基数を含み、前記Ｈｕ羊と他の群体は、Ｈｕ羊、ドーパー羊、ドー
パー羊とＨｕ羊との雑交および小尾Ｈａｎ羊を含む、ことを特徴とする請求項１に記載の
ＳＰＮ分子で標識されたＨｕ羊純血種の評価方法。
【請求項４】
段階１）において、複数種の指標が候補遺伝変異に対する計算評価分数に基づき、評価
分数＝Ｈｕ羊群体変異数*他の羊群体内変異頻度*Ｈｕ羊群体変異検出率、評価分数が高け
れば高いほど、候補遺伝変異の遺伝子は遺伝標識候補セットとして選ばれる、ことを特徴
とする請求項１に記載のＳＰＮ分子で標識されたＨｕ羊純血種の評価方法の応用。

発明の詳細な説明【技術分野】
【０００１】
本発明は牧畜学、分子生物学分野の技術に属するものであり、Ｈｕ羊純血種の評価方法
に関し、特にＳＰＮ分子で標識されたＨｕ羊純血種の評価方法に関する。
続きを表示（約 2,100 文字）【背景技術】
【０００２】
Ｈｕ羊は我が国で有名な白色の子羊皮用の綿羊の地方品種であり、近年来、市場の需要
の変化によって、Ｈｕ羊産業のポイントは羊皮から羊肉の生産に変わり、一部のＨｕ羊養
殖者は次々とその他の肉用品種を導入してＨｕ羊と雑交させて、ある程度Ｈｕ羊の肉用性
能を高めているものの、通常養殖エリア内の純血種Ｈｕ羊が外来血種の浸食を受けて、益
々多くのＨｕ羊に遺伝子混雑、品種特徴減衰、種質退化の現象が現れ、純血種Ｈｕ羊の数
が急減し、家系が混乱になり、血統が乱れ、良質種資源が流失する結果を来している。
【０００３】
Ｈｕ羊の品種資源を保護するために、上記Ｈｕ羊種保護場の種保護効果に対するモニタ
リングが急務となっており、Ｈｕ羊の遺伝子資源の開発利用に基盤を提供する。
【０００４】
一塩基多型（ＳＰＮ）とＩＮＤＥＬは遺伝子グループ中最も良く見られ、分布が最も広
い２種の遺伝子グループの遺伝的変異である。そのうち、一塩基多型は塩基の転換または
変異によるものであり、一塩基多型の変異だけに関する。ところが、ＩＮＤＥＬの発生は
主にそれが処するシーケンス環境および複製エラーと関係があり、その変異の長さは変化
可能であり、発生の比率は異なる物腫によってその表現が異なり、一般的に遺伝子グルー
プの大きさと関係がある。完全ゲノムシーケンシングを利用してＳＮＰとＩＮＤＥＬを鑑
定するのは、目下最も正確で完全ゲノム水準に達成できる検出方法である。高密度のＳＮ
ＰとＩＮＤＥＬ群体の遺伝子サブタイピング情報を利用して、個体間の遺伝子情報の相似
性、グループの遺伝子構造、特別グループが受ける選択信号および完全ゲノムと関連する
分析などを獲得することができる。
【発明の概要】
【０００５】
発明が解決しようとする課題：
上記問題を解決するために、本発明はＳＮＰで標識されたＨｕ羊純血種の評価方法を提供
して、群体レベルのハイスループットデータを利用してＨｕ羊や小尾Ｈａｎ羊、ドーパー
羊およびドーパー羊とＨｕ羊との雑交群体に対する完全ゲノム範囲内の遺伝的変異検出を
行い、生物情報学的方法でＨｕ羊専属の遺伝特徴を鑑定することによって、Ｈｕ羊純血種
を鑑定する評価方法を構築して、Ｈｕ羊の品種資源保護や開発および利用に科学的根拠を
提供することを課題とする。
課題を解決するための技術手段：
【０００６】
本発明は、
１）ハイスループットシーケンシング方法でＨｕ羊群体の特定群体頻度を有する候補遺
伝的変異を鑑定して、Ｈｕ羊とその他の群体遺伝的変異との頻度を比較することによって
、採点方法を作成するとともに、シーケンシングを行い、羊群れ中に存在する遺伝的変異
の各種指標によって純血種評価モデルを作成し、さらにモデル結果によって遺伝標識候補
セットを提供し、部位プライマーのデザインおよび部位ゲノムの連鎖状況によって３０個
の遺伝的標識部位を選んでＨｕ羊純血種の鑑定に使用する段階；
２）段階１）から得た３０個の遺伝的標識部位をＳeｑｕｅｎｏｍＳＮＰサブタイピ
ング検出方法を用いて、ｐｌｉｎｋソフトによってタイピングされたＳＰＮデータを利用
してＩＢＳ分数を算出し、前記ＩＢＳは状態ホモロジーであり、１６個のＩＢＳと著しく
関連する遺伝的標識部位を得る段階；および
３）Ｒ言語に基づき、多変量線形回帰分析モデルを利用し、そのうち、独立変数は１６
個の異なる遺伝子タイプの遺伝的標識部位であり、従属変数は特定のＩＢＳ分数であって
、純血種評価モデルを作成することによって、候補のＨｕ羊純血種群体に対する純血種鑑
定を行う段階；
を含むＳＰＮ分子で標識されたＨｕ羊純血種の評価方法を提供する。
既存技術に比べた本発明の有益な効果：
【０００７】
１）本発明は群体レベルの高いハイスループットデータを利用してＨｕ羊や小尾Ｈａｎ
羊、ドーパー羊およびドーパー羊とＨｕ羊との雑交群体に対する完全ゲノム範囲内の遺伝
的変異検出を行い、生物情報学的方法でＨｕ羊専属の遺伝特徴を鑑定することのよって、
Ｈｕ羊純血種を鑑定する評価方法を構築して、Ｈｕ羊の品種資源保護や開発および利用に
科学的根拠を提供する。
２）本発明はＨｕ羊の純血種の評価方法に用いる３０個の遺伝的標識部位を確定する。
３）本発明はさらにＨｕ羊の純血種の評価方法に用いる遺伝的標識の候補セットを確定
する。
【図面の簡単な説明】
【０００８】
実施例１の技術ルートである。
【０００９】
実施例１の進化系統樹である。
【００１０】
実施例２の実験流れ図である。
（【００１１】以降は省略されています）

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