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公開番号2025023316
公報種別公開特許公報(A)
公開日2025-02-14
出願番号2024213907,2022093628
出願日2024-12-06,2014-05-16
発明の名称クローン病に関連するTNFSF15及びDCR3の変異体
出願人セダーズ-シナイメディカルセンター
代理人個人,個人
主分類G01N 33/53 20060101AFI20250206BHJP(測定;試験)
要約【課題】クローン病に関連するTNFSF15及びDCR3の変異体を提供すること。
【解決手段】民族を越えた細密なマッピングを介して証明したときに、白色人種、プエルトリコ人、及び韓国人のクローン病の間のTNFSF15 15及びDcR3遺伝子座位における関連の発見に関連した方法及び組成物を本明細書において記述する。本発明は、1つまたは複数のリスク変異体の存在がTNFSF15(またはTL1A)及び/またはDcR3遺伝子座位にてあることを決定することによって、被験体におけるクローン病に対するリスクを定量化し、及び感受性を診断する方法を提供する。
【選択図】図4
特許請求の範囲【請求項１】
明細書に記載の方法または組成物。

発明の詳細な説明【技術分野】
【０００１】
その他の出願に対する相互参照
この出願は、２０１３年５月１７日に出願のＵ．Ｓ．ｐｒｏｖｉｓｉｏｎａｌｐａｔｅｎｔａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓＮｏ．６１／８２４，９３２に対する優先権の主張を含む。
続きを表示（約 4,600 文字）【０００２】
請求された発明は、医学的療法のための方法及び組成物を含む、炎症性腸疾患及び関連した状態の予後、診断及び治療に関する。
【背景技術】
【０００３】
本明細書における全ての刊行物は、それぞれの個々の公開または特許出願が参照により援用されることを具体的に、及び個々に示された場合と同程度に参照により援用される。以下の記述は、本発明を理解する際に有用であろう情報を含む。本明細書に提供された情報のいずれも従来技術である、または現在請求された発明に関連する、または特異的もしくは暗に参照された任意の公開が従来技術であると認めない。
【０００４】
クローン病（ＣＤ）などの炎症性腸疾患（ＩＢＤ）は、斑状貫壁性炎症及び繊維性狭窄などの病理学的特徴を伴う慢性炎症状態である。以前の研究は、ＴＬ１ＡがＴｈ１、Ｔｈ２及びＴｈ１７エフェクター機能を増強することを介して腸管の炎症を活発にし得るし、また、ＴＬ１Ａが繊維芽細胞及び活性化繊維芽細胞の増加した数を介して線維形成を活発にするようにみえ、及びマウスにおける構成的ＴＬ１Ａ発現が悪化するマウス回盲部炎症及び腸管繊維性狭窄を与えることが見いだされたことを示す。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００５】
ＴＮＦスーパーファミリーメンバーであるＴＬ１Ａ（ＴＮＦＳＦ１５）、のＳＮＰは、ＩＢＤと関連することが見いだされ、一定のＴＮＦＳＦ１５ハプロタイプは、増加したＴＬ１Ａ発現と関連し、及び小腸外科手術のより高いリスクを有することが見いだされた。公知のＩＢＤ感受性遺伝子であるＤｅｃｏｙＲｅｃｅｐｔｏｒ３（ＤｃＲ３）は、ＴＬ１Ａ（ＴＮＦＳＦ１５）を含む前－炎症性リガンドを中和することができるおとり受容体である。
例示的実施形態を参照図において例証してある。本明細書において開示される実施形態及び図が限定的というよりはむしろ例証であることが考慮されるべきであることが意図される。
【図面の簡単な説明】
【０００６】
本明細書における実施形態に従って、主成分解析（ＰＣ１／ＰＣ２）を示す。
本明細書における実施形態に従って、ＮＪ（非ユダヤ人）及びＡＪ（アシュケナジユダヤ人）ＣＤにおけるＴＮＦＳＦ１５領域のｐＡＣＴを示す。
本明細書における実施形態に従って、ＮＪ及びＡＪＣＤにおけるＤｃＲ３（ＴＮＦＲＳＦ６Ｂ）領域のｐＡＣＴを示す。
本明細書における実施形態に従って、ＮＪ及びＳＫにおける関連するＴＮＦＳＦ１５ＳＮＰの連鎖不平衡マップ（ｒ
２
）を示す。
【発明を実施するための形態】
【０００７】
クローン病及び／または線維症に対する被験体におけるリスクを定量化するためのアッセイであって、被験体から試料を得ること、ＴＮＦＳＦ１５及び／またはＤｃＲ３遺伝子座位における１つまたは複数の変異体の有無を決定するように適応した遺伝子型決定アッセイに試料を供すること及びＴＮＦＳＦ１５及び／またはＤｃＲ３遺伝子座位における１つまたは複数の変異体の存在に基づいてクローン病及び／または線維症に対する被験体におけるリスクを定量化することを含むアッセイを本明細書において記述する。種々の実施形態において、変異体は：配列番号．１、配列番号．２、配列番号．３、配列番号．４、配列番号．５、配列番号．６、配列番号．７、配列番号．８、配列番号．９、配列番号．１０、配列番号．１１、配列番号．１２、配列番号．１３、配列番号．１４、配列番号．１５、配列番号．１６、配列番号．１７、配列番号．１８、配列番号．１９、配列番号．２０、配列番号．２１、配列番号．２２、配列番号．２３、配列番号．２４、配列番号．２５及び配列番号．２６を含む群から選択される１つまたは複数の変異体を含む。その他の実施形態において、変異体は、配列番号．３及び／または配列番号．１３である。その他の実施形態において、変異体は、配列番号．２２である。その他の実施形態において、被験体は、非ユダヤ人の白色人種、アシュケナジ、韓国人またはプエルトリコ人である。その他の実施形態において、被験体は韓国人であり、及び変異体は配列番号．３、配列番号．１３及び／または配列番号．２２である。その他の実施形態において、変異体は、リスク変異体である。その他の実施形態において、変異体は、保護変異体である。その他の実施形態において、保護変異体は、構造化、ＣＤ、小腸合併症及び／または外科的介入の必要性について被験体における減少したリスクを定量化する。
【０００８】
また、被験体におけるクローン病及び／または線維症に対する感受性を診断する方法であって、被験体から試料を得ること、ＴＮＦＳＦ１５及び／またはＤｃＲ３遺伝子座位にて１つまたは複数の変異体の有無を決定するように適応した遺伝子型決定アッセイに試料を供すること及びＴＮＦＳＦ１５及び／またはＤｃＲ３遺伝子座位にて１つまたは複数の変異体の存在に基づいた被験体におけるクローン病及び／または線維症に対する感受性を診断することを含む方法を本明細書に記述した。その他の実施形態において、変異体は：配列番号．１配列番号．２、配列番号．３、配列番号．４、配列番号．５、配列番号．６、配列番号．７、配列番号．８、配列番号．９、配列番号．１０、配列番号．１１、配列番号．１２、配列番号．１３、配列番号．１４、配列番号．１５、配列番号．１６、配列番号．１７、配列番号．１８、配列番号．１９、配列番号．２０、配列番号．２１、配列番号．２２、配列番号．２３、配列番号．２４、配列番号．２５及び配列番号．２６を含む群から選択される１つまたは複数の変異体からなる。その他の実施形態において、変異体は、配列番号．３及び／または配列番号．１３である。その他の実施形態において、変異体は、配列番号．２２である。その他の実施形態において、被験体は、非ユダヤ人の白色人種、アシュケナジ、韓国人またはプエルトリコ人である。その他の実施形態において、被験体は、韓国人であり、及び変異体は配列番号．３、配列番号．１３及び／または配列番号．２２である。
【０００９】
また、被験体におけるクローン病及び／または線維症を治療する方法であって、被験体から試料を得ること、ＴＮＦＳＦ１５及び／またはＤｃＲ３遺伝子座位にて１つまたは複数の変異体の存在を決定するように適応した遺伝子型決定アッセイに試料を供すること及びクローン病及び／または線維症を治療することを含む方法を本明細書に記述した。一つの実施形態において、変異体は：配列番号．１、配列番号．２、配列番号．３、配列番号．４、配列番号．５、配列番号．６、配列番号．７、配列番号．８、配列番号．９、配列番号．１０、配列番号．１１、配列番号．１２、配列番号．１３、配列番号．１４、配列番号．１５、配列番号．１６、配列番号．１７、配列番号．１８、配列番号．１９、配列番号．２０、配列番号．２１、配列番号．２２、配列番号．２３、配列番号．２４、配列番号．２５及び配列番号．２６を含む群から選択される１つまたは複数の変異体からなる。
【００１０】
発明の記述
本明細書において引用される全ての参照は、完全に説明するかのように、これらの全体が参照により援用される。別途定義されない限り、本明細書において使用される専門的及び科学的用語は、本発明に属する当業者によって一般に理解されるのと同じ意味を有する。Ａｌｌｅｎｅｔａｌ．，Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：ＴｈｅＳｃｉｅｎｃｅａｎｄＰｒａｃｔｉｃｅｏｆＰｈａｒｍａｃｙ２２
ｎｄ
ｅｄ．，ＰｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌＰｒｅｓｓ（Ｓｅｐｔｅｍｂｅｒ１５，２０１２）；Ｈｏｒｎｙａｋｅｔａｌ．，ＩｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎｔｏＮａｎｏｓｃｉｅｎｃｅａｎｄＮａｎｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，ＣＲＣＰｒｅｓｓ（２００８）；ＳｉｎｇｌｅｔｏｎａｎｄＳａｉｎｓｂｕｒｙ，ＤｉｃｔｉｏｎａｒｙｏｆＭｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙａｎｄＭｏｌｅｃｕｌａｒＢｉｏｌｏｇｙ３
ｒｄ
ｅｄ．，
ｒｅｖｉｓｅｄｅｄ．，Ｊ．Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ（ＮｅｗＹｏｒｋ，
ＮＹ２００６）；Ｓｍｉｔｈ，Ｍａｒｃｈ’ｓＡｄｖａｎｃｅｄＯｒｇａｎｉｃＣｈｅｍｉｓｔｒｙＲｅａｃｔｉｏｎｓ，ＭｅｃｈａｎｉｓｍｓａｎｄＳｔｒｕｃｔｕｒｅ７
ｔｈ
ｅｄ．，Ｊ．Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ（ＮｅｗＹｏｒｋ，ＮＹ２０１３）；Ｓｉｎｇｌｅｔｏｎ，ＤｉｃｔｉｏｎａｒｙｏｆＤＮＡａｎｄＧｅｎｏｍｅＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙ３
ｒｄ
ｅｄ．，Ｗｉｌｅｙ－Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ（Ｎｏｖｅｍｂｅｒ２８，２０１２）；及びＧｒｅｅｎａｎｄＳａｍｂｒｏｏｋ，ＭｏｌｅｃｕｌａｒＣｌｏｎｉｎｇ：ＡＬａｂｏｒａｔｏｒｙＭａｎｕａｌ４ｔｈｅｄ．，ＣｏｌｄＳｐｒｉｎｇＨａｒｂｏｒ
ＬａｂｏｒａｔｏｒｙＰｒｅｓｓ（ＣｏｌｄＳｐｒｉｎｇＨａｒｂｏｒ，ＮＹ２０１２）は、本出願において使用される用語の多くに対する一般的手引きを当業者に提供する。抗体を作成する方法の参照については、Ｇｒｅｅｎｆｉｅｌｄ，ＡｎｔｉｂｏｄｉｅｓＡＬａｂｏｒａｔｏｒｙＭａｎｕａｌ２
ｎｄ
ｅｄ．，Ｃｏｌｄ
ＳｐｒｉｎｇＨａｒｂｏｒＰｒｅｓｓ（ＣｏｌｄＳｐｒｉｎｇＨａｒｂｏｒ
ＮＹ，２０１３）；ＫoｈｌｅｒａｎｄＭｉｌｓｔｅｉｎ，Ｄｅｒｉｖａｔ
ｉｏｎｏｆｓｐｅｃｉｆｉｃａｎｔｉｂｏｄｙ－ｐｒｏｄｕｃｉｎｇｔｉｓｓｕｅｃｕｌｔｕｒｅａｎｄｔｕｍｏｒｌｉｎｅｓｂｙｃｅｌｌｆｕｓｉｏｎ，Ｅｕｒ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１９７６Ｊｕｌ，６（７）：５１１－９；
ＱｕｅｅｎａｎｄＳｅｌｉｃｋ，Ｈｕｍａｎｉｚｅｄｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎｓ，Ｕ．Ｓ．ＰａｔｅｎｔＮｏ．５，５８５，０８９（１９９６Ｄｅｃ）；及びＲｉｅｃｈｍａｎｎｅｔａｌ．，Ｒｅｓｈａｐｉｎｇｈｕｍａｎａｎｔｉｂｏｄｉｅｓｆｏｒｔｈｅｒａｐｙ，Ｎａｔｕｒｅ１９８８Ｍａｒ２４，３３２（６１６２）：３２３－７を参照されたい。
（【００１１】以降は省略されています）

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