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公開番号2024167280
公報種別公開特許公報(A)
公開日2024-12-03
出願番号2024141958,2023541419
出願日2024-08-23,2022-08-04
発明の名称情報処理システム及び情報処理方法
出願人日本電気株式会社
代理人個人,個人,個人,個人,個人,個人
主分類G16B 30/00 20190101AFI20241126BHJP(特定の用途分野に特に適合した情報通信技術)
要約【課題】変異ペプチドを合成するために、品質が良い合成用DNA/RNAデータを出力できる情報処理システム及び委情報処理方法を提供する。
【解決手段】情報処理システム1は、患者の組織から抽出されたサンプルに対して、第1シーケンサ21が出力した第1断片化DNA/RNAデータの品質を診断し、診断結果を表す第1診断データを決定する第1診断部11と、第2シーケンサ22が出力した第2断片化DNA/RNAデータの品質を診断し、診断結果を表す第2診断データを決定する第2診断部12と、第1診断データと第2診断データを踏まえて、第1断片化DNA/RNAデータと第2断片化DNA/RNAデータから、合成用DNA/RNAデータを出力する出力部13と、を有する。
【選択図】図2
特許請求の範囲【請求項１】
がんの遺伝子変異に由来する変異ペプチドを合成するために使用される合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータを出力する情報処理システムであって、
対象患者の組織から抽出されたサンプルに対して第１シーケンサが出力した第１断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータと前記対象患者の組織から抽出されたサンプルに対して第２シーケンサが出力した第２断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータを結合して合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータとして出力する出力部
を備える情報処理システム。
続きを表示（約 950 文字）【請求項２】
前記出力部は、前記合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータを出力する際に、当該合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータとともに、前記変異ペプチドの優先順位を含む診断データを出力する
請求項１に記載の情報処理システム。
【請求項３】
がんの遺伝子変異に由来する変異ペプチドを合成するための合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータを出力する情報処理システムであって、
対象患者の組織から抽出されたサンプルに対して第１シーケンサが出力した第１断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータ、前記対象患者の組織から抽出されたサンプルに対して第２シーケンサが出力した第２断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータ、及び前記対象患者の組織から抽出されたサンプルに対して第３シーケンサが出力した第３断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータの対応する順番の塩基同士を多数決してそれぞれの順番の塩基を決定することにより、合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータを決定する出力部
を備える情報処理システム。
【請求項４】
がんの遺伝子変異に由来する変異ペプチドを合成するための合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータを出力する情報処理方法であって、
対象患者の組織から抽出されたサンプルに対して第１シーケンサが出力した第１断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータと前記対象患者の組織から抽出されたサンプルに対して第２シーケンサが出力した第２断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータを結合して合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータとして出力する手順
を有する情報処理方法。
【請求項５】
がんの遺伝子変異に由来する変異ペプチドを合成するために使用される合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータを出力する情報処理方法であって、
対象患者の組織から抽出されたサンプルに対して第１シーケンサが出力した第１断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータ、前記対象患者の組織から抽出されたサンプルに対して第２シーケンサが出力した第２断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータ、及び前記対象患者の組織から抽出されたサンプルに対して第３シーケンサが出力した第３断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータの対応する順番の塩基同士を多数決してそれぞれの順番の塩基を決定することにより、合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータを決定する手順
を有する情報処理方法。

発明の詳細な説明【技術分野】
【０００１】
本発明は、情報処理システム及び情報処理方法に関する。
続きを表示（約 2,100 文字）【背景技術】
【０００２】
従来、既存の医薬品は予め製造されて薬局に保管されており、医師の処方箋に応じて患者に処方されてきた。近年、患者さんの体質や病気の特徴にあった薬（以下、個別化薬という）が患者に投与されつつある。
【０００３】
これまでのがん医療では、肺がん、大腸がん、乳がんといったがんの種類別に治療や薬が選ばれていた。しかし、２０００年代に入り、がんの原因となっている分子（タンパク質）やその基となる遺伝子の解明が進み、このような分子や遺伝子などに働く「分子標的薬」を使うことができるようになってきた。分子標的薬からさらに発展して、患者個別の分子や遺伝子を対象にした治療法も発展している。ここでがんの種類だけではなく、遺伝子変異などのがんの特徴に合わせて、一人一人に適した治療を行うことを、「個別化治療」と呼ぶ。従来、がんの遺伝子情報に基づく「個別化治療」は、主に、少数の遺伝子を調べる「がん遺伝子検査」と、多数の遺伝子を同時に調べる「がん遺伝子パネル検査」に基づいて行われてきた。
【０００４】
近年、更に「人間が本来もつ免疫の力でがん細胞を攻撃、排除する」というがん免疫療法を用いた治療（以下、がんワクチン治療という）が進んでいる。がんワクチン治療の一つとして「ペプチドワクチン」が知られている。ペプチドワクチンは、がんの目印である抗原を含む。この抗原を直接体内に注射すると、人間が本来持っている免疫機能が異常を察知し、がんの目印である抗原をターゲットに攻撃してがん細胞を死滅させるしくみである。
【０００５】
近年、各患者のがんの遺伝子変異のすべてが簡単に分かる時代になり、がんの免疫療法において、その遺伝子変異により新たに生じる「ペプチド」の重要性がクローズアップされている。このペプチドは、「ネオアンチゲン」と呼ばれる変異ペプチドである。それらがヒト白血球抗原（Human Leukocyte Antigen：HLA）に乗ってがん細胞の表面に出ると、それらは正常細胞の表面にはないペプチドであるから、細胞障害性Ｔ細胞（Cytotoxic T lymphocyte：CTL）はそれを敵とみなし、がん細胞を殺せることが明らかとなってきた。
今では、「ネオアンチゲン」を使った個別化のがんワクチン療法が、がんの治療法や再発予防法として有効かどうかを確かめる臨床試験が、欧米で行われている。また特許文献１では、特定のヒト被験者に対して免疫原性であるポリペプチドの断片を同定する方法や当該ポリペプチド断片を含む個別化された医薬組成物の調製方法が開示されている。
【先行技術文献】
【特許文献】
【０００６】
特表２０２０－５１０６９８号公報
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００７】
「ネオアンチゲン」と呼ばれる変異ペプチドは患者個々によって種類も数も異なるため、患者毎に個別に、患者のがん組織の遺伝子変異からペプチドワクチンを生産する必要がある。患者の病気が進行する前にペプチドワクチンを患者に届けなければならないが、この生産は受注生産になるため、複数の工程のうち一つの工程でミスがあると、もう一度、その工程を繰り返す必要があるので、患者への提供が遅れるという問題がある。
【０００８】
ペプチドワクチンの生産工程では、ワクチンレシピの作成前に、分析前プロセス及び分析プロセスを経て、断片化されたＤＮＡ（DeoxyriboNucleic Acid）データが出力される。ここで、分析前プロセスは例えば、検体採取、ホルマリン固定、病理組織標本作成、腫瘍細胞比率の確認、遺伝子検査用病理組織標本の確定、確定標本からの核酸抽出を含む。分析プロセスは例えば、ライブラリ調整、ＰＣＲ（Polymerase Chain Reaction）による複製、シーケンシング、データ出力を含む。シーケンサの出力データは、ライブラリ調整において施される断片化の影響を受け、ＤＮＡ／ＲＮＡデータの多数の断片を集めたデータの集合体である。
【０００９】
シーケンサの出力データは、分析前プロセスと分析プロセスの影響によって結果が一定にならない。特に、入力されるＤＮＡサンプルの品質、ＰＣＲ工程のバラつき、シーケンシングの精度の影響を受ける。通常、プロセスごとに設けられた品質管理基準にもとづき、バリデーション、内部精度管理、外部精度管理を実施することで、出力データの品質を担保する。しかしながら、工程の最後に品質が悪いことが発覚することもあり、再度のやり直しが発生した場合に、ワクチン製造が遅れ、患者への提供が遅れるという問題がある。
【００１０】
なお、がんワクチンだけでなく、自己免疫疾患も同様なネオアンチゲンでの治療の可能性があり、自己免疫疾患の個別化医療においても同様の問題がある。
（【００１１】以降は省略されています）

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