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公開番号2025027114
公報種別公開特許公報(A)
公開日2025-02-26
出願番号2024209657,2022059685
出願日2024-12-02,2016-10-12
発明の名称mRNAの機能状態を変化させてその選択的かつ特異的な認識を可能にする方法
出願人セレクタバイオテックエスイー
代理人個人,個人
主分類C12N 15/113 20100101AFI20250218BHJP(生化学;ビール;酒精;ぶどう酒;酢;微生物学;酵素学;突然変異または遺伝子工学)
要約【課題】本発明は、任意のmRNAの機能状態を変化させて、その選択的かつ特異的な
認識およびその後の選択的操作を可能にする方法に関する。
【解決手段】本発明は、核酸レベルで分子標的認識の特異性および選択性を増加させるための普遍的な原理を記載する。核酸の特異的かつ選択的な認識の原理は、ある一定の規定された距離だけ互いから離間していなければならない標的核酸の2つ以上の配列の同時認識に基づいている。規定された距離だけ互いから離間されている核酸の明確に規定された配列を特異的に認識することによる核酸認識のこのような方法は、想定外の核酸への干渉性構築物の安定な結合の可能性を最小限に抑え、これによって、標的核酸の認識の選択性を劇的に増加させる。互いにある一定の規定された距離をおいて局在化された核酸の規定された配列の特異的認識は、サイズ特異的ポリマー連結部分によって相互接続された短い配列特異的オリゴヌクレオチドの同時相補的干渉によって達成される。
【選択図】なし
特許請求の範囲【請求項１】
標的核酸を結合するための構築物であって、
該標的核酸は、ｍＲＮＡであり、
該構築物は、少なくとも１つの連結部分を介して相互接続された少なくとも２つの配列特異的一本鎖オリゴヌクレオチドを含み、
該構築物は、該標的核酸上の標的配列に結合し、及びヘテロ二本鎖を形成することができ、
該配列特異的一本鎖オリゴヌクレオチドが、１０乃至２５ヌクレオチドを含み、
該構築物は、該標的核酸に特異的に結合することができ、
該連結部分は、該配列特異的一本鎖オリゴヌクレオチドが標的核酸の標的配列に結合してヘテロ二本鎖を形成することを可能にする長さを含み、そして該連結部分は、以下から選択される
ａ）無塩基の糖リン酸骨格、無塩基の化学的に修飾された糖リン酸骨格、またはそれらの組み合わせ；
ｂ）ポリペプチド；
ｃ）多糖；
ｄ）炭素原子数２乃至４０の飽和または不飽和炭化水素；
ｅ）ポリ（メタ）アクリレート、変性ポリ（メタ）アクリレート、ポリ（ビニルアルコール）、ポリ（ビニルピロリドン）、ポリ（エチレングリコール）、ポリ（アクリルアミド）、ポリ（オキサゾリン）、ポリ（エチレンイミン）、ポリ（アルキレンオキシド）、ラクトンベースのポリマー、ポリ（アクリル酸）、ポリ（ラクチド酸）、ポリ（グリコール酸）、ポリ（プロピレン）、ポリ（スチレン）、ポリ（オレフィン）、ポリ（アミド）、ポリ（シアノアクリレート）、ポリ（イミド）、ポリ（エチレンテレフタレート）、ポリ（テトラメチレングリコール）、ポリ（ウレタン）、またはそれらの組み合わせを含む非ヌクレオチドポリマー；又は
ｆ）ａ）乃至ｅ）のいずれかの組み合わせ、である、構築物。
続きを表示（約 980 文字）【請求項２】
前記構築物であって、前記標的核酸が融合タンパク質をコードし、少なくとも２つの融合パートナーおよび２つ以上の標的配列からなり、それぞれが異なる融合パートナーの核酸上に局在する、請求項１に記載の構築物。
【請求項３】
前記標的配列が、融合切断点部位から１００ヌクレオチド以下に局在化する、請求項２に記載の構築物。
【請求項４】
前記構築物が、連結部分を介して相互接続される少なくとも３つの配列特異的一本鎖オリゴヌクレオチドを含み、そして該配列特異的一本鎖オリゴヌクレオチドのそれぞれが該標的核酸の標的配列に結合する、請求項１に記載の構築物。
【請求項５】
前記連結部分の長さが、５乃至１０００オングストロームの間の範囲である、請求項１に記載の構築物。
【請求項６】
前記連結部分が、一つの配列特異的一本鎖オリゴヌクレオチドの５’末端および別の配列特異的一本鎖オリゴヌクレオチドの３’末端に結合している、請求項１に記載の構築物。
【請求項７】
前記連結部分がポリマー連結部分である、請求項１に記載の構築物。
【請求項８】
前記変性ポリ（メタ）アクリレートが、ポリ（エチレンオキシ）、２（Ｎ，Ｎ－ジメチルアミノ）エチル（メタ）アクリレート、またはそれらの組み合わせを含む、請求項１に記載の構築物。
【請求項９】
前記それぞれの配列特異的一本鎖オリゴヌクレオチドの長さが、少なくとも３ヌクレオチドであり、且つ、該配列特異的一本鎖オリゴヌクレオチドがＤＮＡ、ＲＮＡ、ヌクレオチド誘導体、ヌクレオチド類似体、又は二種又はそれ以上のＤＮＡ、ＲＮＡ、ヌクレオチド誘導体、もしくはヌクレオチド類似体の組み合わせを含む、請求項１に記載の構築物。
【請求項１０】
前記ＤＮＡ、ＲＮＡ、ヌクレオチド誘導体、ヌクレオチド類似体、又は二種又はそれ以上のＤＮＡ、ＲＮＡ、ヌクレオチド誘導体、もしくはヌクレオチド類似体の組み合わせが、特異的な化学修飾を有するオリゴヌクレオチドのブロックとして、または異なる修飾ヌクレオチドからなる個々のオリゴヌクレオチドとして、相互に組み合わされる、請求項９に記載の構築物。
（【請求項１１】以降は省略されています）
発明の詳細な説明【技術分野】
【０００１】
本発明は、任意の核酸の機能状態を変化させて、その特異的かつ選択的な認識およびその後の選択的操作を可能にすることに関する。本解決策は、バイオテクノロジー、分子生物学、ウイルス学、医学などの分野で完全に普遍的であり、利用可能である。本発明は、最も好ましくは、腫瘍学の分野に直接的に適用可能であり広い治療可能性を有するが、この特定の領域に限定されない。
続きを表示（約 2,300 文字）【背景技術】
【０００２】
現在の技術水準の観点では、本発明に記載の解決策は、他の化学的に類似した構築物と異なり、まったく反対の異なる目的で設計される。
【０００３】
国際公開第２０１１／１１７３５３号（Ｍｏｅｌｌｅｒ、Ｕｄｅｓｅｎ、２０１１）に記載の二価系は、連結された複数のオリゴヌクレオチドと２つの別個の標的核酸とを同時に相互作用させて、それらの結合部位を飽和させ、それらの生物学的機能を調節するための多機能構築物を提示する。各オリゴヌクレオチドは異なる標的核酸分子を認識するため、構築物自体は原則として（個々の標的核酸分子に関して）標準アンチセンスオリゴヌクレオチドと同じ方法で機能し、決して標的核酸分子の認識の選択性を増加させない。
【０００４】
同様に、国際公開第２０１１／０３１５２０号（Ａｇｒａｗａｌら、２０１１）に記載のアンチセンスオリゴヌクレオチドのコンジュゲートは、２つの（同一または異なる）核酸分子を認識するように設計されており、国際公開第２０１１／１１７３５３号（Ｍｏｅｌｌｅｒ、Ｕｄｅｓｅｎ、２０１１）と同様に、標的核酸分子を個々に（すなわち、単一のアンチセンスオリゴヌクレオチドを介して）認識する。したがって、上記文献は標的核酸分子の選択的認識の問題を取り扱うものではない。
【０００５】
国際公開第２００９／０２３８１９号（Ｋａｎｄｉｍａｌｌａら、２００９）、国際公開第２００５／１１１２３８号（Ｅｐｓｔｅｉｎら、２００５）、国際公開第２００５／０７８０９６号（Ｚａｍｏｒｅら、２００５）、国際公開第２００４／０６４７８２号（Ａｇｒａｗａｌら、２００４）に記載の他の化学的に類似した構築物は、それぞれ、それらの細胞取り込み、ｍｉＲＮＡ動員および免疫刺激目的を強化するために、免疫調節のために設計された。しかし、いずれも標的核酸分子の選択的認識の問題を解決するものではない。
【０００６】
いずれの場合も、記載された構築物は、相互作用する分子の一種の「優れた」多価形態のみを表し、さらに、本解決策とは無関係のまったく反対の異なる問題を解決するように設計されている。したがって、基本的な相違点は、既存の構築物はアンチセンスオリゴヌクレオチドの無差別性を解決しないが、本発明はこの問題に対する解決策を提供するという事実にある。
【０００７】
この分野での現在の科学的知見は腫瘍学的疾患の治療に向けられているが、腫瘍細胞に独特な特徴を有する融合遺伝子（ｆｕｓｉｏｎｇｅｎｅｓ）は多くの腫瘍疾患（白血病、リンパ腫、肉腫など）の原因であり、抗癌療法の有望な標的と確実に考えられることに留意することが重要である。融合核酸の独自の配列は、健常細胞に対する治療介入を伴わず、腫瘍細胞の特異的かつ選択的な標的化を可能にする。したがって、治療剤の核酸への干渉に基づく抗癌療法は、原因となる融合核酸に対して向けられ、それによって腫瘍細胞に対してのみ治療効果を達成することができる。アンチセンス戦略という観点から、それは、融合ｍＲＮＡとの干渉を介した融合遺伝子の標的サイレンシングと、それによって原因となる融合タンパク質の合成を妨げることとを意味する。
【０００８】
これらのアンチセンス戦略の（ｍＲＮＡの標的配列に対する治療剤の結合特異性、標的ｍＲＮＡへのそれらの結合親和性および標的ｍＲＮＡとの結合エネルギーの点での）不十分な特異性という問題は、主に、リボースおよび／またはホスホジエステル骨格の化学修飾などによる治療剤の化学修飾によって解決されている（Ｐｉｒｏｌｌｏ、Ｒａｉｔら、２００３；Ｓｔａｈｅｌ、Ｚａｎｇｍｅｉｓｔｅｒ－Ｗｉｔｔｋｅ、２００３；Ｊａｎｓｅｎ、Ｚａｎｇｅｍｅｉｓｔｅｒ－Ｗｉｔｔｋｅ、２００２）。これにもかかわらず、修飾治療剤は十分に特異的かつ選択的ではなく、治療標的外遺伝子のサイレンシングを引き起こすため、最終的な解決策はいまだ特定されていない（Ｂｕｒｎｅｔｔ、Ｒｏｓｓｉ、２０１２）。結果として、これが非標的タンパク質の発現に影響を与え、重篤な臨床的副作用をもたらし、患者のＱＯＬに悪影響を及ぼす。
【０００９】
標的ｍＲＮＡ認識の原理に関して、標的ｍＲＮＡの特異的領域に結合する単一の治療用配列特異的オリゴヌクレオチドの適用は、アンチセンス戦略の一般的に使用される標準である。融合ｍＲＮＡの場合、この特異的領域は、最も一般的には、２つの個々の融合パートナーの直接融合の部位である（Ｄｉａｋｏｓら、２００７；Ｒａｎｇａｔｉａ、Ｂｏｎｎｅｔ、２００６；Ｒａｐｏｚｚｉら、２００６；Ｓｃｈｅｒｒら、２００５；Ｓｃｈｅｒｒら、２００３；Ｔａｎａｋａら、１９９７）。しかし、公開されたデータは、アンチセンス治療剤の物理化学的特性の有意な改善にもかかわらず、単一の干渉オリゴヌクレオチドの適用が、想定外のｍＲＮＡ分子へのアンチセンスオリゴヌクレオチドの非特異的結合の問題に対して必要とされる進展をこれまでに解決していないという事実を明白に示している（Ｓｕｍｍｅｒｔｏｎら、２００７）。
【００１０】
このため、現在の技術水準は、依然として、一次標的のみに対する治療効果の特異性および選択性という基本的な課題に直面している。したがって、抗癌戦略の実際の進歩とは、本質的に新たな治療剤の開発にあるのではなく、選択的治療作用を可能にする系の開発にある。
（【００１１】以降は省略されています）

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