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公開番号
2024147720
公報種別
公開特許公報(A)
公開日
2024-10-16
出願番号
2024114582,2021564746
出願日
2024-07-18,2020-05-01
発明の名称
CD33結合性ポリペプチド及びその使用
出願人
インヒブルクス インコーポレイテッド
代理人
弁理士法人三枝国際特許事務所
主分類
C07K
16/28 20060101AFI20241008BHJP(有機化学)
要約
【課題】CD33結合性ポリペプチド、及びCD33結合性ポリペプチドを使用して癌を治療する方法を提供する。
【解決手段】CD33に結合するVHH含有ポリペプチドが提供される。VHH含有ポリペプチドの使用も提供される。
【選択図】図1
特許請求の範囲
【請求項1】
配列番号47、配列番号3、配列番号7、配列番号11、配列番号15、配列番号19、配列番号23、配列番号27、配列番号31、配列番号35、配列番号50、配列番号53、配列番号56、配列番号59、配列番号62、配列番号65、配列番号68、又は配列番号71のアミノ酸配列を含むCDR1と、配列番号48、配列番号4、配列番号8、配列番号12、配列番号16、配列番号20、配列番号24、配列番号28、配列番号32、配列番号36、配列番号51、配列番号54、配列番号57、配列番号60、配列番号63、配列番号66、配列番号69、又は配列番号72のアミノ酸配列を含むCDR2と、配列番号49、配列番号5、配列番号9、配列番号13、配列番号17、配列番号21、配列番号25、配列番号29、配列番号33、配列番号37、配列番号52、配列番号55、配列番号58、配列番号61、配列番号64、配列番号67、配列番号70、又は配列番号73のアミノ酸配列を含むCDR3とを含む、CD33に結合する少なくとも1つのVHHドメインを含むポリペプチド。
続きを表示(約 1,300 文字)
【請求項2】
少なくとも1つのVHHドメインは、配列番号配列番号47又は配列番号3のアミノ酸配列を含むCDR1と、配列番号48又は配列番号4のアミノ酸配列を含むCDR2と、配列番号49又は配列番号5のアミノ酸配列を含むCDR3とを含む、請求項1に記載のポリペプチド。
【請求項3】
少なくとも1つのVHHドメインは、配列番号7のアミノ酸配列を含むCDR1と、配列番号8のアミノ酸配列を含むCDR2と、配列番号9のアミノ酸配列を含むCDR3とを含む、請求項1又は2に記載のポリペプチド。
【請求項4】
少なくとも1つのVHHドメインは、配列番号11又は配列番号50のアミノ酸配列を含むCDR1と、配列番号12又は配列番号51のアミノ酸配列を含むCDR2と、配列番号13又は配列番号52のアミノ酸配列を含むCDR3とを含む、請求項1~3のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項5】
少なくとも1つのVHHドメインは、配列番号15、配列番号53、又は配列番号56のアミノ酸配列を含むCDR1と、配列番号16、配列番号54、又は配列番号57のアミノ酸配列を含むCDR2と、配列番号17、配列番号55、又は配列番号58のアミノ酸配列を含むCDR3とを含む、請求項1~4のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項6】
少なくとも1つのVHHドメインは、配列番号19又は配列番号59のアミノ酸配列を含むCDR1と、配列番号20又は配列番号60のアミノ酸配列を含むCDR2と、配列番号21又は配列番号61のアミノ酸配列を含むCDR3とを含む、請求項1~5のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項7】
少なくとも1つのVHHドメインは、配列番号23又は配列番号62のアミノ酸配列を含むCDR1と、配列番号24又は配列番号63のアミノ酸配列を含むCDR2と、配列番号25又は配列番号64のアミノ酸配列を含むCDR3とを含む、請求項1~6のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項8】
少なくとも1つのVHHドメインは、配列番号27又は配列番号65のアミノ酸配列を含むCDR1と、配列番号28又は配列番号66のアミノ酸配列を含むCDR2と、配列番号29又は配列番号67のアミノ酸配列を含むCDR3とを含む、請求項1~7のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項9】
少なくとも1つのVHHドメインは、配列番号31又は配列番号68のアミノ酸配列を
含むCDR1と、配列番号32又は配列番号69のアミノ酸配列を含むCDR2と、配列番号33又は配列番号70のアミノ酸配列を含むCDR3とを含む、請求項1~8のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項10】
少なくとも1つのVHHドメインは、配列番号35又は配列番号71のアミノ酸配列を含むCDR1と、配列番号36又は配列番号72のアミノ酸配列を含むCDR2と、配列番号37又は配列番号73のアミノ酸配列を含むCDR3とを含む、請求項1~9のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(【請求項11】以降は省略されています)
発明の詳細な説明
【技術分野】
【0001】
[関連出願の相互参照]
本願は、2019年5月4日付で出願された米国仮出願第62/843,408号及び2019年5月7日付で出願された米国仮出願第62/844,359号の優先権の利益を主張し、それぞれの全体があらゆる目的で引用することにより本明細書の一部をなす。
続きを表示(約 8,900 文字)
【0002】
本発明は、CD33結合性ポリペプチド、及びCD33結合性ポリペプチドを使用してCD33の生物学的活性を調節する方法に関する。そのような方法には、限定されるものではないが、癌を治療する方法が含まれる。
【背景技術】
【0003】
CD33は、p67、SIGLEC3、又はSIGLEC-3とも知られ、シアル酸に結合し、造血細胞の炎症応答及び免疫応答を調節する。CD33はまた、様々な血液癌のイニシエーション、増殖、及び進行に影響を及ぼし得る。例えば、急性骨髄性白血病(AML)の症例の85%超がCD33抗原を発現する。こうして、CD33は白血病等の血液癌のための標的療法に適した腫瘍関連抗原である。したがって、CD33のより強力なアンタゴニストが治療上必要とされている。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【0004】
本明細書において、CD33結合性ポリペプチド、及びCD33結合性ポリペプチドを使用して、例えば白血病を治療する方法が提供される。幾つかの実施の形態において、CD33結合性ポリペプチドは、少なくとも1つのVHHドメインを含む。幾つかの実施の形態を以下に示す。
【課題を解決するための手段】
【0005】
実施の形態1. 配列番号47、配列番号3、配列番号7、配列番号11、配列番号15、配列番号19、配列番号23、配列番号27、配列番号31、配列番号35、配列番号50、配列番号53、配列番号56、配列番号59、配列番号62、配列番号65、配列番号68、又は配列番号71のアミノ酸配列を含むCDR1と、配列番号48、配列番号4、配列番号8、配列番号12、配列番号16、配列番号20、配列番号24、配列番号28、配列番号32、配列番号36、配列番号51、配列番号54、配列番号57、配列番号60、配列番号63、配列番号66、配列番号69、又は配列番号72のアミノ酸配列を含むCDR2と、配列番号49、配列番号5、配列番号9、配列番号13、配列番号17、配列番号21、配列番号25、配列番号29、配列番号33、配列番号37、配列番号52、配列番号55、配列番号58、配列番号61、配列番号64、配列番号67、配列番号70、又は配列番号73のアミノ酸配列を含むCDR3とを含む、CD33に結合する少なくとも1つのVHHドメインを含むポリペプチド。
実施の形態2. 少なくとも1つのVHHドメインは、配列番号47又は配列番号3のアミノ酸配列を含むCDR1と、配列番号48又は配列番号4のアミノ酸配列を含むCDR2と、配列番号49又は配列番号5のアミノ酸配列を含むCDR3とを含む、実施の形態1のポリペプチド。
実施の形態3. 少なくとも1つのVHHドメインは、配列番号7のアミノ酸配列を含むCDR1と、配列番号8のアミノ酸配列を含むCDR2と、配列番号9のアミノ酸配列を含むCDR3とを含む、実施の形態1又は実施の形態2のポリペプチド。
実施の形態4. 少なくとも1つのVHHドメインは、配列番号11又は配列番号50のアミノ酸配列を含むCDR1と、配列番号12又は配列番号51のアミノ酸配列を含むC
DR2と、配列番号13又は配列番号52のアミノ酸配列を含むCDR3とを含む、実施の形態1~3のいずれか1つのポリペプチド。
実施の形態5. 少なくとも1つのVHHドメインは、配列番号15、配列番号53、又は配列番号56のアミノ酸配列を含むCDR1と、配列番号16、配列番号54、又は配列番号57のアミノ酸配列を含むCDR2と、配列番号17、配列番号55、又は配列番号58のアミノ酸配列を含むCDR3とを含む、実施の形態1~4のいずれか1つのポリペプチド。
実施の形態6. 少なくとも1つのVHHドメインは、配列番号19又は配列番号59のアミノ酸配列を含むCDR1と、配列番号20又は配列番号60のアミノ酸配列を含むCDR2と、配列番号21又は配列番号61のアミノ酸配列を含むCDR3とを含む、実施の形態1~5のいずれか1つのポリペプチド。
実施の形態7. 少なくとも1つのVHHドメインは、配列番号23又は配列番号62のアミノ酸配列を含むCDR1と、配列番号24又は配列番号63のアミノ酸配列を含むCDR2と、配列番号25又は配列番号64のアミノ酸配列を含むCDR3とを含む、実施の形態1~6のいずれか1つのポリペプチド。
実施の形態8. 少なくとも1つのVHHドメインは、配列番号27又は配列番号65のアミノ酸配列を含むCDR1と、配列番号28又は配列番号66のアミノ酸配列を含むCDR2と、配列番号29又は配列番号67のアミノ酸配列を含むCDR3とを含む、実施の形態1~7のいずれか1つのポリペプチド。
実施の形態9. 少なくとも1つのVHHドメインは、配列番号31又は配列番号68のアミノ酸配列を含むCDR1と、配列番号32又は配列番号69のアミノ酸配列を含むCDR2と、配列番号33又は配列番号70のアミノ酸配列を含むCDR3とを含む、実施の形態1~8のいずれか1つのポリペプチド。
実施の形態10. 少なくとも1つのVHHドメインは、配列番号35又は配列番号71のアミノ酸配列を含むCDR1と、配列番号36又は配列番号72のアミノ酸配列を含むCDR2と、配列番号37又は配列番号73のアミノ酸配列を含むCDR3とを含む、実施の形態1~9のいずれか1つのポリペプチド。
実施の形態11. 少なくとも1つのVHHドメインは、それぞれ配列番号47、配列番号48、及び配列番号49;配列番号3、配列番号4、及び配列番号5;配列番号7、配列番号8、及び配列番号9;配列番号11、配列番号12、及び配列番号13;配列番号15、配列番号16、及び配列番号17;配列番号19、配列番号20、及び配列番号21;配列番号23、配列番号24、及び配列番号25;配列番号27、配列番号28、及び配列番号29;配列番号31、配列番号32、及び配列番号33;配列番号35、配列番号36、及び配列番号37;配列番号50、配列番号51、及び配列番号52;配列番号53、配列番号54、及び配列番号55;配列番号56、配列番号57、及び配列番号58;配列番号59、配列番号60、及び配列番号61;配列番号62、配列番号63、及び配列番号64;配列番号65、配列番号66、及び配列番号67;配列番号68、配列番号69、及び配列番号70;又は配列番号71、配列番号72、及び配列番号73のアミノ酸配列を含む、CDR1、CDR2、及びCDR3を含む、実施の形態1~10のいずれか1つのポリペプチド。
実施の形態12. 少なくとも1つのVHHドメインは、ヒト化されている、実施の形態1~11のいずれか1つのポリペプチド。
実施の形態13. 少なくとも1つのVHHドメインは、配列番号38、配列番号114、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、配列番号115、配列番号116、配列番号117、配列番号118、配列番号119、配列番号120、配列番号121、又は配列番号122のアミノ酸配列と少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、又は少なくとも99%同一であるアミノ酸配列を含む、実施の形態1~12のいずれか1つのポリペプチド。
実施の形態14. 少なくとも1つのVHHドメインは、配列番号38、配列番号114
、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、配列番号115、配列番号116、配列番号117、配列番号118、配列番号119、配列番号120、配列番号121、又は配列番号122のアミノ酸配列を含む、実施の形態1~12のいずれか1つのポリペプチド。
実施の形態15. 少なくとも1つのVHHドメインは、配列番号2、配列番号6、配列番号10、配列番号14、配列番号18、配列番号22、配列番号26、配列番号30、配列番号34、配列番号123、配列番号124、配列番号125、配列番号126、配列番号127、配列番号128、配列番号129、配列番号130、又は配列番号131のアミノ酸配列と少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、又は少なくとも99%同一であるアミノ酸配列を含む、実施の形態1~12のいずれか1つのポリペプチド。
実施の形態16. 少なくとも1つのVHHドメインは、配列番号2、配列番号6、配列番号10、配列番号14、配列番号18、配列番号22、配列番号26、配列番号30、配列番号34、配列番号123、配列番号124、配列番号125、配列番号126、配列番号127、配列番号128、配列番号129、配列番号130、又は配列番号131のアミノ酸配列を含む、実施の形態1~12のいずれか1つのポリペプチド。
実施の形態17. 2つのVHHドメインを含む、実施の形態1~16のいずれか1つのポリペプチド。
実施の形態18. 3つのVHHドメインを含む、実施の形態1~16のいずれか1つのポリペプチド。
実施の形態19. ポリペプチドは、CD33以外の抗原に結合する少なくとも1つの結合ドメインを含む、実施の形態1~18のいずれか1つのポリペプチド。
実施の形態20. ポリペプチドは、CD3、T細胞受容体(TCR)α、TCRβ、CD28、CD16、CD32A、CD64、CD89、NKp46、又はNKG2Dに結合する少なくとも1つの結合ドメインを含む、実施の形態19のポリペプチド。
実施の形態21. 各VHHドメインは、CD33に結合する、実施の形態17又は18のポリペプチド。
実施の形態22. 各VHHドメインは、同じCDR1、CDR2、及びCDR3のアミノ酸配列を含む、実施の形態21のポリペプチド。
実施の形態23. 各VHHドメインは、同じVHH配列を含む、実施の形態21のポリペプチド。
実施の形態24. 1つのVHHドメインを含む、実施の形態1~16のいずれか1つのポリペプチド。
実施の形態25. ポリペプチドは、Fc領域を含む、実施の形態1~24のいずれか1つのポリペプチド。
実施の形態26. Fc領域は、配列番号74~配列番号109から選択されるアミノ酸配列を含む、実施の形態25のポリペプチド。
実施の形態27. 生理学的条件下で二量体を形成する、実施の形態25又は実施の形態26のポリペプチド。
実施の形態28. CD33は、ヒトCD33である、実施の形態1~27のいずれか1つのポリペプチド。
実施の形態29. ヒトCD33は、配列番号1の配列を含む、実施の形態28のポリペプチド。
実施の形態30. 実施の形態1~29のいずれか1つのポリペプチドと、細胞傷害性作用物質とを含む免疫複合体。
実施の形態31. 細胞傷害性作用物質は、カリケアマイシン、アウリスタチン、ドラスタチン、チューブリシン、メイタンシノイド、クリプトフィシン、デュオカルマイシン、エスペラマイシン、ピロロベンゾジアゼピン、及びエンジイン抗生物質から選択される、実施の形態30の免疫複合体。
実施の形態32. 実施の形態1~29のいずれか1つのポリペプチド又は実施の形態3
0若しくは実施の形態31の免疫複合体と、薬学的に許容可能な担体とを含む医薬組成物。
実施の形態33. 実施の形態1~29のいずれか1つのポリペプチドをコードする単離された核酸。
実施の形態34. 実施の形態33の核酸を含むベクター。
実施の形態35. 実施の形態33の核酸又は実施の形態34のベクターを含む宿主細胞。
実施の形態36. 実施の形態1~29のいずれか1つのポリペプチドを発現する宿主細胞。
実施の形態37. 実施の形態1~29のいずれか1つのポリペプチドを生産する方法であって、ポリペプチドの発現に適した条件下で実施の形態35又は実施の形態36の宿主細胞をインキュベートすることを含む、方法。
実施の形態38. ポリペプチドを単離することを更に含む、実施の形態37の方法。
実施の形態39. 癌を治療する方法であって、癌を伴う被験体に実施の形態1~29のいずれか1つのポリペプチド、実施の形態30若しくは実施の形態31の免疫複合体、又は実施の形態32の医薬組成物を薬学的有効量、投与することを含む、方法。
実施の形態40. 癌は、リンパ腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、B細胞リンパ腫、低悪性度/濾胞性非ホジキンリンパ腫(NHL)、小リンパ球(SL)NHL、中悪性度/濾胞性NHL、中悪性度びまん性NHL、高悪性度免疫芽球性NHL、高悪性度リンパ芽球性NHL、高悪性度小型非分割細胞NHL、巨大病変NHL、マントル細胞リンパ腫、AIDS関連リンパ腫、ワルデンストレームマクログロブリン血症、慢性リンパ球性白血病(CLL)、急性リンパ芽球性白血病(ALL)、急性骨髄性白血病(AML)、有毛細胞白血病、及び慢性骨髄芽球性白血病から選択される、実施の形態39の方法。
実施の形態41. 癌は、急性骨髄性白血病(AML)である、実施の形態39又は40の方法。
実施の形態42. 追加の療法剤を投与することを更に含む、実施の形態39~41のいずれか1つの方法。
実施の形態43. 追加の療法剤は、抗癌剤である、実施の形態42の方法。
実施の形態44. 抗癌剤は、化学療法剤、抗癌生物製剤、放射線療法、CAR-T療法薬、及び腫瘍溶解性ウイルスから選択される、実施の形態43の方法。
実施の形態45. 癌は、CD33を発現する癌である、実施の形態39~44のいずれか1つの方法。
【図面の簡単な説明】
【0006】
本明細書に記載される他のCD33結合性sdAbと比較したhz1E4v2についてのバイオレイヤー干渉測定データを示す図である。
MOLM-13細胞又はHEK293細胞上に発現されたCD33に対する或る特定のシングルドメイン抗体(sdAb)の結合を示す図である。「MOLM-13」は、実施例2に記載されるように、CD33をコードするプラスミドでトランスフェクションされたMOL-13細胞を示す。「CD33m」は、短縮されたCD33タンパク質(配列番号113)を示す。「CD33M」は、完全長CD33タンパク質(配列番号112)を示す。「HEK293」又は「親HEK293」は、トランスフェクションされていないHEK293細胞を示す。図2Aは、CD33への1E4-IgG1の結合を示す。図2Bは、CD33へのhz1E4v2-IgG1の結合を示す。図2Cは、CD33への1H9-IgG1の結合を示す。図2Dは、CD33へのhz1H9v2-IgG1の結合を示す。図2Eは、CD33へのhz1G3v3-IgG1の結合を示す。図2Fは、CD33への1C7-IgG1の結合を示す。図2Gは、CD33へのhz1C7v1-IgG1の結合を示す。図2Hは、CD33へのhz1C7v11-IgG1の結合を示す。図2Iは、CD33へのhzA07v4-IgG1の結合を示す。図2Jは、CD33へのhzB07v7-IgG1の結合を示す。図2Kは、CD33へのhzG11v2-IgG1の結合を示す。図2Lは、CD33へのF02-IgG1の結合を示す。図2Mは、CD33へのhzF02v18-IgG1の結合を示す。
【発明を実施するための形態】
【0007】
本明細書に示される実施形態は、CD33結合性ポリペプチド、及び癌を治療する様々な方法におけるそれらの使用に関する。
【0008】
定義及び様々な実施形態
本明細書に使用されるセクションの見出しは編成のみを目的とし、記載される主題を限定すると解釈されるものではない。
【0009】
特許出願、特許公報、及びGenbankアクセッション番号を含む本明細書で引用される全ての参考文献は、各個別の参考文献が、引用することによりその全体が本明細書の一部をなすと具体的かつ個別に示されているかのように、引用することにより本明細書の一部をなす。
【0010】
本明細書に記載又は参照される技術及び手順は、一般に十分に理解されており、通常、例えば、Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual 3rd. edition (2001) Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y.、CURRENT PROTOCOLS IN MOLECULAR BIOLOGY (F. M. Ausubel, et al. eds., (2003))、the series METHODS IN ENZYMOLOGY (Academic Press, Inc.)、PCR 2: A PRACTICAL APPROACH (M. J. MacPherson, B. D. Hames and G. R. Taylor eds. (1995))、Harlow and Lane, eds. (1988) ANTIBODIES, A LABORATORY MANUAL、及びANIMAL CELL CULTURE (R. I. Freshney, ed. (1987))、Oligonucleotide Synthesis (M. J. Gait, ed., 1984)、Methods in Molecular Biology, Humana Press、Cell Biology: A Laboratory Notebook (J. E. Cellis, ed., 1998) Academic Press、Animal Cell Culture (R. I. Freshney, ed., 1987)、Introduction to Cell and Tissue Culture (J. P. Mather and P. E. Roberts, 1998) Plenum Press、Cell and Tissue Culture Laboratory Procedures (A. Doyle, J. B. Griffiths, and D. G. Newell eds., 1993-8) J. Wiley and Sons、Handbook of Experimental Immunology (D. M. Weir and C. C. Blackwell, eds.)、Gene Transfer Vectors for Mammalian Cells (J. M. Miller and M. P. Calos, eds., 1987)、PCR: The Polymerase Chain Reaction, (Mullis et al., eds., 1994)、Current Protocols in Immunology (J. E. Coligan et al. eds., 1991)、Short Protocols in Molecular Biology (Wiley and Sons, 1999)、Immunobiology (C. A. Janeway and P. Travers, 1997)、Antibodies (P. Finch, 1997)、Antibodies: A Practical Approach (D. Catty., ed., IRL Press, 1988-1989)、Monoclonal Antibodies: A Practical Approach (P. Shepherd and C. Dean, eds., Oxford University Press, 2000)、Using Antibodies: A Laboratory Manual (E. Harlow and D.
Lane, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1999)、The Antibodies (M. Zanetti and J. D. Capra, eds., Harwood Academic Publishers, 1995)、及びCancer: Principles and Practice of Oncology (V. T. DeVita et al., eds., J.B. Lippincott Company, 1993)並びにそれらの最新版に記載される広く利用されている方法論等の当業者による慣例
的な方法論を用いて使用される。
(【0011】以降は省略されています)
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