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公開番号2024133722
公報種別公開特許公報(A)
公開日2024-10-02
出願番号2024113339,2022157874
出願日2024-07-16,2018-02-20
発明の名称リンカーを用いた固定化トランスポソームを使用するタグメンテーション
出願人イルミナインコーポレイテッド,イルミナケンブリッジリミテッド
代理人個人
主分類C12N 15/09 20060101AFI20240925BHJP(生化学;ビール;酒精;ぶどう酒;酢;微生物学;酵素学;突然変異または遺伝子工学)
要約【課題】リンカーを用いた固定化トランスポソームを使用するタグメンテーションの提供。
【解決手段】本開示は、標的核酸を処理するための方法、組成物、およびキット(固体支持体に結合したトランスポソーム複合体を使用して、核酸(例えば、DNA)をフラグメント化およびタグ化するための方法および組成物を含む)に関する。本開示は、トランスポザーゼ、第1のトランスポゾン、および第2のトランスポゾンを含むトランスポソーム複合体を提供し、ここで上記第1のトランスポゾンは、(a)第1のトランスポゾン末端配列を含む3’部分および(b)上記第1のトランスポゾン末端配列の5’末端において第1のアダプター配列を含み、上記第2のトランスポゾンは、上記第1のトランスポゾン末端配列の少なくとも一部に相補的な第2のトランスポゾン末端配列を含み得る。
【選択図】なし
特許請求の範囲【請求項１】
本明細書に記載の発明。

発明の詳細な説明【技術分野】
【０００１】
任意の優先権出願への参照による援用
本出願は、２０１７年２月２１日に出願された米国仮特許出願番号第６２／４６１，６２０号に基づく優先権の利益を主張しており、この仮特許出願は、その全体が参考として本明細書によって援用される。
続きを表示（約 2,200 文字）【０００２】
配列表への参照
本開示は、電子フォーマットの配列表を含む。この配列表は、２０１７年２月２０日に作成されたサイズが約７ＫＢのＩＬＬＩＮＣ－３９８ＷＯ＿Ｓｅｑｕｅｎｃｅ＿Ｌｉｓｔｉｎｇ．ｔｘｔと題するファイルとして提供される。この配列表の電子形式中の情報は、その全体が参考として本明細書中に援用される。
【０００３】
背景
分野
本開示は、核酸を処理するための方法、組成物、およびキット（固体支持体上に固定化されたトランスポソーム複合体を使用して、核酸（例えば、ＤＮＡ）をフラグメント化およびタグ化するための方法および組成物を含む）に関する。
【背景技術】
【０００４】
核酸サンプルの次世代配列決定（ＮＧＳ）に関する現在のプロトコルは、慣用的には、ＤＮＡまたはＲＮＡを、フラグメント化した配列決定可能なテンプレートのライブラリーへと変換するサンプル調製プロセスを使用する。サンプル調製法はしばしば、複数の工程および材料の移動、ならびにフラグメント化をもたらすために高価な機器を要し、従って、しばしば困難であり、単調で長く、高価で、効率が悪い。
【０００５】
１つのアプローチにおいて、核酸フラグメントライブラリーは、２つのトランスポゾン末端配列（一方は、タグ配列に連結される）およびトランスポザーゼがトランスポソーム複合体を形成する、トランスポソームベースの方法を使用して調製され得る。そのトランスポソーム複合体は、溶液中の標的核酸をフラグメント化およびタグ化して、配列決定機に供する準備ができた（ｓｅｑｕｅｎｃｅｒ－ｒｅａｄｙ）タグメンテーションしたライブラリーを生成するために使用される。そのトランスポソーム複合体は、固体表面上に（例えば、その２つの末端配列のうちの一方の５’末端において追加されたビオチンを通じて）固定化され得る。固定化トランスポソームの使用は、実習（ｈａｎｎｄｓ－ｏｎ）および全体的なライブラリー調製時間、コスト、および試薬の必要条件を低減する、サンプルインプットの必要条件を低下させる、ならびにライブラリー調製の出発点として未精製または分解したサンプルの使用を可能にすることによって、液相アプローチを超える顕著な利点を提供する。均一なフラグメントサイズおよびライブラリー収量を生じる固体表面上のトランスポソームの固定化のための例示的な転移手順およびシステムは、ＷＯ２０１４／１０８８１０およびＷＯ２０１６／１８９３３１（これらの各々は、その全体において本明細書に参考として援用される）に詳細に記載される。
【０００６】
ＰＣＴ公開番号ＷＯ２０１６／１８９３３１およびＵＳ２０１４／０９３９１６Ａ１に記載されるある種のビーズベースのタグメンテーション方法において、トランスポソームは、ビオチン－ストレプトアビジン相互作用を使用して、磁性ビーズに結合される。プロトコルのその後のＰＣＲ増幅工程の間に、ビオチン－ストレプトアビジン結合は、熱変性によって破壊され、それによって、ビオチン化タグメンテーション生成物が溶液へと放出される。目的の配列とのアンプリコン、または標的アンプリコンは、所望であれば、例えば、ハイブリダイゼーション捕捉によって富化され得、配列決定され得る。
【０００７】
しかし、固定化トランスポソームを使用してタグメンテーションによって調製されるライブラリーが、一般的ハイブリダイゼーション捕捉法を使用してゲノムのある種の領域に関して富化される場合、例えば、溶液ベースのトランスポソームアプローチを使用して生成されるライブラリーに関する富化と比較して、ゲノムにおけるある種の領域に関してより低いリード富化が達成され得る。
【０００８】
さらに、支持体に結合したトランスポソーム複合体の安定性は、トランスポソーム複合体を支持体に接続するために使用されるリンカー構築物に依存して変動する。貯蔵時にまたはライブラリー調製の間に複合体が支持体から除去される場合、得られたライブラリーの品質および効率が影響を及ぼされる。従って、改善された安定性を有する固定化トランスポソーム複合体およびタグメンテーションライブラリー生成の改善された効率、翻って、得られたライブラリーの増大したリード富化を示す関連法が必要である。得られたライブラリーのリード富化を改善する組成物および方法もまた、必要である。
本開示は、改変されたリンカーおよび構成要素の配置を有する支持体に結合したトランスポソーム複合体に関する。本開示は、このような改変された複合体を使用して、配列決定する準備ができた核酸ライブラリーを生成するための方法および組成物を提供する。
【先行技術文献】
【特許文献】
【０００９】
国際公開第２０１４／１０８８１０号
国際公開第２０１６／１８９３３１号
米国特許出願公開第２０１４／０９３９１６号明細書
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【００１０】
要旨
本開示は、核酸を処理するための方法、組成物、およびキット（固体支持体上のトランスポソーム複合体を使用してＤＮＡをフラグメント化およびタグ化するための方法および組成物を含む）に関する。
（【００１１】以降は省略されています）

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