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公開番号2024056826
公報種別公開特許公報(A)
公開日2024-04-23
出願番号2024018658,2022077983
出願日2024-02-09,2014-10-02
発明の名称がん特異的突然変異に対し抗原特異性を有するT細胞受容体を単離する方法
出願人個人
代理人個人,個人,個人,個人,個人,個人,個人,個人
主分類C12N 15/12 20060101AFI20240416BHJP(生化学;ビール;酒精;ぶどう酒;酢;微生物学;酵素学;突然変異または遺伝子工学)
要約【課題】がん特異的突然変異によってコードされる突然変異アミノ酸配列に対し抗原特異性を有するTCRを単離する方法を提供する。
【解決手段】それぞれの遺伝子が、突然変異アミノ酸配列をコードするがん特異的突然変異を含有する、患者のがん細胞の核酸中の1以上の遺伝子を同定すること;患者の自己APCを、突然変異アミノ酸配列を提示するよう誘導すること;患者の自己T細胞と、突然変異アミノ酸配列を提示する自己APCとを共培養すること;自己T細胞を選択すること;及び選択された自己T細胞から、TCRをコードするヌクレオチド配列を単離することを含み、TCRは、がん特異的突然変異によってコードされる突然変異アミノ酸配列に対し抗原特異性を有する、方法が開示される。また、関連の、細胞集団を調製する方法、細胞集団、TCR、医薬組成物、及びがんを治療又は予防する方法が開示される。
【選択図】なし
特許請求の範囲【請求項１】
がん特異的突然変異によってコードされる突然変異アミノ酸配列に対し抗原特異性を有するＴ細胞受容体（ＴＣＲ）又はその抗原結合部分を単離する方法であって、
それぞれの遺伝子が、突然変異アミノ酸配列をコードするがん特異的突然変異を含有する、患者のがん細胞の核酸中１以上の遺伝子を同定すること；
患者の自己抗原提示細胞（ＡＰＣ）を、突然変異アミノ酸配列を提示するよう誘導すること；
患者の自己Ｔ細胞と、突然変異アミノ酸配列を提示する自己ＡＰＣとを共培養すること；（ａ）突然変異アミノ酸配列を提示する自己ＡＰＣと共培養されて、且つ（ｂ）患者によって発現される主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）分子の関係で提示される突然変異アミノ酸配列に対し抗原特異性を有する、自己Ｔ細胞を選択すること；及び
選択された自己Ｔ細胞から、ＴＣＲ又はその抗原結合部分をコードするヌクレオチド配列を単離することを含み、ＴＣＲ又はその抗原結合部分は、がん特異的突然変異によってコードされる突然変異アミノ酸配列に対し抗原特異性を有する、方法。
続きを表示（約 1,300 文字）【請求項２】
患者の自己ＡＰＣを、突然変異アミノ酸配列を提示するよう誘導することが、突然変異アミノ酸配列を含むペプチド又はペプチドプールでＡＰＣをパルスすることを含み、プール中の各ペプチドは異なる突然変異アミノ酸配列を含む、請求項１の方法。
【請求項３】
患者の自己ＡＰＣを、突然変異アミノ酸配列を提示するよう誘導することが、突然変異アミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列をＡＰＣに導入することを含む、請求項１の方法。
【請求項４】
自己ＡＰＣに導入されるヌクレオチド配列がタンデムミニ遺伝子（ＴＭＧ）コンストラクトであり、各ミニ遺伝子が異なる遺伝子を含み、各遺伝子が突然変異アミノ酸配列をコードするがん特異的突然変異を含む、請求項３の方法。
【請求項５】
腫瘍の複数断片を患者から得ること、該複数断片からの自己Ｔ細胞のそれぞれを別々に、突然変異アミノ酸配列を提示する自己ＡＰＣと共培養すること、及び複数断片のそれぞれからのＴ細胞を、突然変異アミノ酸配列に対する抗原特異性に関して別々に評価することを更に含む、請求項１～４のいずれか１項の方法。
【請求項６】
突然変異アミノ酸配列に対し抗原特異性を有する自己Ｔ細胞を選択することが、突然変異アミノ酸配列に対し抗原特異性を有する自己Ｔ細胞を選択的に増殖させることを含む、請求項１～５のいずれか１項の方法。
【請求項７】
突然変異アミノ酸配列に対し抗原特異性を有する自己Ｔ細胞を選択することが、プログラム細胞死１（ＰＤ－１）、リンパ球活性化遺伝子３（ＬＡＧ－３）、Ｔ細胞免疫グロブリン及びムチンドメイン３（ＴＩＭ－３）、４－１ＢＢ、ＯＸ４０、及びＣＤ１０７ａのいずれか１以上を発現するＴ細胞を選択することを含む、請求項１～６のいずれか１項の方法。
【請求項８】
突然変異アミノ酸配列に対し抗原特異性を有する自己Ｔ細胞を選択することが、（ｉ）突然変異アミノ酸配列を提示するＡＰＣとの共培養に際して、ネガティブコントロールによって分泌される１以上のサイトカインの量と比較して、より多くの量の１以上のサイトカインを分泌するか、又は（ｉｉ）突然変異アミノ酸配列を提示するＡＰＣとの共培養に際して、１以上のサイトカインを分泌するネガティブコントロールＴ細胞の数と比較して、少なくとも２倍の多さの数のＴ細胞が１以上のサイトカインを分泌するＴ細胞を選択することを含む、請求項１～７のいずれか１項の方法。
【請求項９】
１以上のサイトカインが、インターフェロン（ＩＦＮ）－γ、インターロイキン（ＩＬ）－２、腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ－α）、顆粒球／単球コロニー刺激因子（ＧＭ－ＣＳＦ）、ＩＬ－４、ＩＬ－５、ＩＬ－９、ＩＬ－１０、ＩＬ－１７及びＩＬ－２２を含む、請求項８の方法。
【請求項１０】
がん細胞の核酸中の１以上の遺伝子を同定することが、がん細胞の全エクソーム、全ゲノム、又は全トランスクリプトームを配列決定すること含む、請求項１～９のいずれか１項の方法。
（【請求項１１】以降は省略されています）
発明の詳細な説明【技術分野】
【０００１】
電子提出された物件の参照による組み込み
本明細書と同時提出され、且つ、以下の通り識別されるコンピューター可読のヌクレオチド／アミノ酸の配列表が、参照により、本明細書中にその全体が組み込まれる：２０１４年９月１５日付ファイル名「７１８２９１ＳＴ２５．ＴＸＴ」、２９，５７７バイトのＡＳＣＩＩ（テキスト）ファイル１件。
続きを表示（約 7,800 文字）【背景技術】
【０００２】
発明の背景
抗がん抗原Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）を発現するよう遺伝学的に操作された細胞を用いる養子細胞療法（ＡＣＴ）は、一部のがん患者において有益な臨床反応をもたらし得る。それにもかかわらず、がんや他の病気を、ＴＣＲを操作した細胞を使用して、首尾よく広範に治療することへの障害が残っている。例えば、がん抗原を特異的に認識するＴＣＲは、同定すること及び／又は患者から単離することが困難であり得る。従って、がん反応性ＴＣＲを得る方法の改善についてのニーズがある。
【発明の概要】
【０００３】
発明の要旨
本発明の一実施形態は、がん特異的突然変異によってコードされる突然変異アミノ酸配列に対し抗原特異性を有するＴＣＲ又はその抗原結合部分を単離する方法であって、それぞれの遺伝子が、突然変異アミノ酸配列をコードするがん特異的突然変異を含有する、患者のがん細胞の核酸中の１以上の遺伝子を同定すること；患者の自己抗原提示細胞（ＡＰＣ）を、突然変異アミノ酸配列を提示するよう誘導すること；患者の自己Ｔ細胞と、突然変異アミノ酸配列を提示する自己ＡＰＣとを共培養すること；（ａ）突然変異アミノ酸配列を提示する自己ＡＰＣと共培養されて、且つ（ｂ）患者によって発現される主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）分子の関係で提示される突然変異アミノ酸配列に対し抗原特異性を有する、自己Ｔ細胞を選択すること；及び選択された自己Ｔ細胞から、ＴＣＲ又はその抗原結合部分をコードするヌクレオチド配列を単離することを含み、ＴＣＲ又はその抗原結合部分は、がん特異的突然変異によってコードされる突然変異アミノ酸配列に対し抗原特異性を有する、方法を提供する。
【０００４】
本発明の別の実施形態は、がん特異的突然変異によってコードされる突然変異アミノ酸配列に対し抗原特異性を有する、ＴＣＲ又はその抗原結合部分を発現する細胞集団を調製する方法であって、それぞれの遺伝子が、突然変異アミノ酸配列をコードするがん特異的突然変異を含有する、患者のがん細胞の核酸中の１以上の遺伝子を同定すること；患者の自己ＡＰＣを、突然変異アミノ酸配列を提示するよう誘導すること；患者の自己Ｔ細胞と、突然変異アミノ酸配列を提示する自己ＡＰＣとを共培養すること；（ａ）突然変異アミノ酸配列を提示する自己ＡＰＣと共培養されて、且つ（ｂ）患者によって発現されるＭＨＣ分子の関係で提示される突然変異アミノ酸配列に対し抗原特異性を有する、自己Ｔ細胞を選択すること；選択された自己Ｔ細胞から、ＴＣＲ又はその抗原結合部分をコードするヌクレオチド配列を単離すること（ＴＣＲ又はその抗原結合部分は、がん特異的突然変異によってコードされる突然変異アミノ酸配列に対し抗原特異性を有する）；及び単離されたＴＣＲ又はその抗原結合部分をコードするヌクレオチド配列を末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）に導入し、ＴＣＲ又はその抗原結合部分を発現する細胞を得ることを含む、方法を提供する。
【０００５】
本発明のさらなる実施形態は、関連する細胞集団、ＴＣＲ又はその抗原結合部分、医薬組成物、及びがんを治療又は予防する方法を提供する。
【図面の簡単な説明】
【０００６】
図１Ａは、３７３７－ＴＩＬと、ＯＫＴ３、又は緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）ＲＮＡ若しくは表示したタンデムミニ遺伝子（ＴＭＧ）コンストラクトをトランスフェクションした樹状細胞（ＤＣ）との、２０時間の共培養後に、インターフェロン（ＩＦＮ）－γ酵素結合免疫吸着スポット（ＥＬＩＳＰＯＴ）アッセイによって測定した、１ｘ１０
３
（１ｅ３）細胞あたりのスポット数を示すグラフである。「＞」は、１×１０
３
細胞あたり５００超のスポットを示す。モックトランスフェクションした細胞は、核酸の添加なしで、トランスフェクション試薬のみで処理した。図１Ｂは、ＯＫＴ３或いはＧＦＰＲＮＡ、ＴＭＧ－１、又は表示した野生型（ｗｔ）遺伝子ＡＬＫ、ＣＤ９３、ＥＲＢＢ２ＩＰ、ＦＣＥＲ１Ａ、ＧＲＸＣＲ１、ＫＩＦ９、ＮＡＧＳ、ＮＬＲＰ２、若しくはＲＡＣ３をトランスフェクションしたＤＣとの共培養後の、ＯＸ４０＋である、ＣＤ４＋の３７３７－ＴＩＬのパーセンテージを示すグラフである。モックトランスフェクションした細胞は、核酸の添加なしで、トランスフェクション試薬のみで処理した。
図２Ａ～２Ｃは、何もなしでか、又は表示したＨＬＡ遮断抗体（ＭＨＣ－１、ＭＨＣ－ＩＩ、ＨＬＡ－ＤＰ、ＨＬＡ－ＤＱ、若しくはＨＬＡ－ＤＲ）と前培養していた、ＴＭＧ－１をトランスフェクションしたＤＣ（Ａ）又は６２４－ＣＩＩＴＡ細胞（（Ｂ）及び（Ｃ））と共培養した３７３７－ＴＩＬ（Ａ）、ＤＭＦ５Ｔ細胞（Ｂ）、又はＴ４Ｔ細胞（Ｃ）について、２０時間目において、ＩＦＮ－γＥＬＩＳＰＯＴアッセイによって測定した、１×１０
３
（１ｅ３）細胞あたりのスポット数を示すグラフである（Ａ～Ｃ）。図２Ｄは、ＤＭＳＯ、突然変異（ｍｕｔ）ＡＬＫ又はｍｕｔＥＲＢＢ２ＩＰの２５アミノ酸（－ＡＡ）長ペプチドで一晩パルスした、自己ＤＱ－０３０１／－０６０１Ｂ細胞（灰色の棒）又はＨＬＡ－ＤＱ０５／０６０１遺伝子座（黒色の棒）若しくはＨＬＡ－ＤＱ－０２０１／０３０１遺伝子座（斜線なしの棒）において一部適合する同種異系ＥＢＶ－Ｂ細胞と共培養した３７３７－ＴＩＬについて、２０時間目においてＩＦＮ－γＥＬＩＳＰＯＴアッセイによって測定した、１×１０
３
（１ｅ３）細胞あたりのスポット数を示すグラフである。ＥＴＧＨＬＥＮＧＮＫＹＰＮＬＥ（配列番号５３）；図２Ｅは、ｍｕｔＥＲＢＢ２ＩＰの２５アミノ酸ペプチドＴＳＦＬＳＩＮＳＫＥＥＴＧＨＬＥＮＧＮＫＹＰＮＬＥ（配列番号７３）又は表示した、切断型ｍｕｔＥＲＢＢ２ＩＰペプチドＦＬＳＩＮＳＫＥＥＴＧＨＬＥＮＧＮＫＹＰＮＬＥ（配列番号３０）、ＳＩＮＳＫＥＥＴＧＨＬＥＮＧＮＫＹＰＮＬＥ（配列番号３１）、ＮＳＫＥＥＴＧＨＬＥＮＧＮＫＹＰＮＬＥ（配列番号３２）、ＫＥＥＴＧＨＬＥＮＧＮＫＹＰＮＬＥ（配列番号３３）、ＥＴＧＨＬＥＮＧＮＫＹＰＮＬＥ（配列番号５３）、ＴＳＦＬＳＩＮＳＫＥＥＴＧＨＬ（配列番号３４）、ＴＳＦＬＳＩＮＳＫＥＥＴＧＨＬＥＮ（配列番号３５）、ＴＳＦＬＳＩＮＳＫＥＥＴＧＨＬＥＮＧＮ（配列番号３６）、ＴＳＦＬＳＩＮＳＫＥＥＴＧＨＬＥＮＧＮＫＹ（配列番号３７）、若しくはＴＳＦＬＳＩＮＳＫＥＥＴＧＨＬＥＮＧＮＫＹＰＮ（配列番号３８）で一晩パルスした自己Ｂ細胞と共培養した３７３７－ＴＩＬについて、２０時間目において、ＩＦＮ－γＥＬＩＳＰＯＴアッセイにより測定した１×１０
３
（１ｅ３）細胞あたりのスポット数を示すグラフである。
図３Ａは、生きている、ＣＤ４＋（陰影付き）Ｔ細胞又はＣＤ８＋（陰影なし）Ｔ細胞にゲートしたフローサイトメトリーによって測定した、３７３７－ＴＩＬ中の様々なＴＣＲＶβクローン型のパーセンテージを示すグラフである。図３Ｂは、３７３７－ＴＩＬの養子細胞移入０日目（矢印で表示）前後の、表示した日数で測定した、患者３７３７の血清サンプル中で検出したＩＦＮ－γ量（ｐｇ／ｍｌ）を示すグラフである。エラーバーは平均の標準誤差（ＳＥＭ）である。図３Ｃは、細胞移入０日目（矢印で表示）に対する、表示した月数での全腫瘍負荷（丸）（前処置基準の％として測定）又は肺（三角）若しくは肝臓（四角）における腫瘍負荷を示すグラフである。図３Ｄは、フローサイトメトリーによって測定した、ＣＤ４＋Ｖβ２２－ＯＸ４０＋の３７３７－ＴＩＬにおける、種々のＴＣＲＶβクローン型のパーセンテージを示すグラフである。
図４Ａ及び４Ｂは、３７３７－ＴＩＬを用いた養子細胞移入前後（細胞移入前の腫瘍（菱形）及び細胞移入後の種々の腫瘍（Ｔｕ－１－Ｐｏｓｔ（四角）、Ｔｕ－２－Ｐｏｓｔ（▲）、及びＴｕ－３－Ｐｏｓｔ（▼）））の様々な時点で、患者３７３７の血液（丸）中の、２のＥＲＢＢ２ＩＰ突然変異特異的ＴＣＲβ－ＣＤＲ３クローン型、Ｖβ２２＋（Ａ）及びＶβ５．２＋（Ｂ）の頻度を示すグラフである。陰影付きの棒は、移入細胞（３７３７－ＴＩＬ）における２のＥＲＢＢ２ＩＰ－突然変異特異的ＴＣＲβ－ＣＤＲ３クローン型、Ｖβ２２＋（Ａ）及びＶβ５．２＋（Ｂ）の頻度を示す。「Ｘ」は「検出なし」を示す。図４Ｃは、３７３７－ＴＩＬ（Ｔ細胞）及び種々の養子細胞移入前（Ｔｕ－Ｐｒｅ）及び後（Ｔｕ－１－ｐｏｓｔ、Ｔｕ－２－ｐｏｓｔ及びＴｕ－３－ｐｏｓｔ）の腫瘍における、ＡＣＴＢと比べたＥＲＢＢ２ＩＰの発現を示すグラフである。図４Ｄは、細胞移入（矢印で表示）に対する、表示した月数における全腫瘍負荷（丸）（前処置基準の％として測定）又は肺（三角）若しくは肝臓（四角）における腫瘍負荷を示すグラフである。
図５Ａは、同定した、突然変異した６アミノ酸残基（そのＮ－及びＣ－末端に、両側の１２アミノ酸が隣接する）を含有するポリペプチドをコードするタンデムミニ遺伝子（ＴＭＧ）コンストラクトの一例の模式図である。突然変異ＫＩＦ２Ｃ配列は、ＤＳＳＬＱＡＲＬＦＰＧＬＴＩＫＩＱＲＳＮＧＬＩＨＳ（配列番号５７）である。
図５Ｂは、自己メラニン細胞又はＨＬＡ－Ａ
＊
０２０５及びＴＭＧコンストラクトＲＪ－１（図９Ａに示す構造）、ＲＪ－２、ＲＪ－３、ＲＪ－４、ＲＪ－５、ＲＪ－６、ＲＪ－７、ＲＪ－８、ＲＪ－９、ＲＪ－１０、ＲＪ－１１、ＲＪ－１２、若しくは空のベクターを共トランスフェクションしたＣＯＳ－７細胞と一晩共培養したＴＩＬ２３５９Ｔ細胞によって分泌されるＩＦＮ－γ量（ｐｇ／ｍＬ）を示すグラフである。
図５Ｃは、ＨＬＡ－Ａ
＊
０２０５及びＲＪ－１変異体をトランスフェクションしたＣＯＳ－７細胞と共培養したＴＩＬ２３５９によって分泌されたＩＦＮ－γ量（ｐｇ／ｍＬ）を示すグラフである（表中、「ｗｔ」と表示した遺伝子を、ＷＴ配列に再変換した）。ＫＩＦ２ＣＷＴ配列はＤＳＳＬＱＡＲＬＦＰＧＬＡＩＫＩＱＲＳＮＧＬＩＨＳ（配列番号６５）である。
図５Ｄは、ＨＬＡｃＤＮＡコンストラクト（左から右の各棒で特定される）：ＨＬＡ－Ａ
＊
０１０１（陰影なしの棒）、ＨＬＡ－Ａ
＊
０２０１（灰色の棒）、又はＨＬＡ－Ａ
＊
０２０５（黒色の棒）と共に、空のベクター、ＫＩＦ２ＣＷＴ、又は突然変異ＫＩＦ２ＣのｃＤＮＡコンストラクトをトランスフェクションしたＣＯＳ－７細胞と共培養したＴＩＬ２３５９によって分泌されたＩＦＮ－γ量（ｐｇ／ｍＬ）を示すグラフである。
図５Ｅは、種々の濃度（μＭ）のＫＩＦ２Ｃ
１０－１９
ＷＴ（ＲＬＦＰＧＬＡＩＫＩ；配列番号５８）（グラフ中の下の線）又は突然変異ＫＩＦ２Ｃ
１０－１９
（ＲＬＦＰＧＬＴＩＫＩ；配列番号５９）（グラフ中の上の線）でパルスした、ＨＬＡ－Ａ
＊
０２０５を安定に発現するＨＥＫ２９３細胞と一晩共培養したＴＩＬ２３５９Ｔ細胞によって分泌されたＩＦＮ－γ量（ｐｇ／ｍＬ）を示すグラフである。
図６Ａは、自己メラニン細胞又は、空のベクター若しくはＤＷ－１～ＤＷ－３７から成る群から選択されたＴＭＧコンストラクトをトランスフェクションした、ＨＬＡ－Ｃ
＊
０７０１を安定に発現するＨＥＫ２９３細胞と共培養したＴＩＬ２５９１Ｔ細胞によって分泌されるＩＦＮ－γ量（ｐｇ／ｍＬ）を示すグラフである。
図６Ｂは、ＴＭＧコンストラクトＤＷ－６の構造を示す模式図である。突然変異ＰＯＬＡ２配列は、ＴＩＩＥＧＴＲＳＳＧＳＨＦＶＦＶＰＳＬＲＤＶＨＨＥ（配列番号６４）である。
図６Ｃは、ＨＬＡ－Ｃ
＊
０７０１及びＤＷ－６変異体をトランスフェクションしたＣＯＳ－７細胞と共培養したＴＩＬ２５９１によって分泌されたＩＦＮ－γ量（ｐｇ／ｍＬ）を示すグラフである（表中、「ｗｔ」と表示した遺伝子を、ＷＴ配列に再変換した）。ＰＯＬＡ２ＷＴ配列は、ＴＩＩＥＧＴＲＳＳＧＳＨＬＶＦＶＰＳＬＲＤＶＨＨＥ（配列番号６６）である。
図６Ｄは、ＨＬＡｃＤＮＡコンストラクト（左から右の各バーで特定される）：ＨＬＡ－Ｃ
＊
０４０１（陰影なしの棒）、ＨＬＡ－Ｃ
＊
０７０１（灰色の棒）、又はＨＬＡ－Ｃ
＊
０７０２（黒色の棒）と共に、空のベクター、ＰＯＬＡ２ＷＴ、又は突然変異ＰＯＬＡ２のｃＤＮＡコンストラクトをトランスフェクションしたＣＯＳ－７細胞と共培養したＴＩＬ２５９１によって分泌されたＩＦＮ－γ量（ｐｇ／ｍＬ）を示すグラフである。
図６Ｅは、種々の濃度（μＭ）のＰＯＬＡ２
４１３－４２２
ＷＴ（ＴＲＳＳＧＳＨＬＶＦ；配列番号６７）（グラフ中の下の線）又は突然変異ＰＯＬＡ２
４１３－４２２
（ＴＲＳＳＧＳＨＦＶＦ；配列番号６８）（グラフ中の上の線）でパルスした、ＨＬＡ－Ｃ
＊
０７０１を安定に発現するＨＥＫ２９３細胞と、一晩共培養したＴＩＬ２５９１Ｔ細胞によって分泌されたＩＦＮ－γ量（ｐｇ／ｍＬ）を示すグラフである。
図７Ａ～７Ｆは、突然変異反応性細胞の第２回投与の前（Ａ～Ｃ）及び６ヶ月後（Ｄ～Ｆ）に撮影した、患者３７３７の肺のコンピューター断層撮影（ＣＴ）スキャンである。矢印はがん病変を指す。
【発明を実施するための形態】
【０００７】
発明の詳細な説明
本発明の一実施形態は、がん特異的突然変異によってコードされる突然変異アミノ酸配列に対し抗原特異性を有するＴＣＲ又はその抗原結合部分を単離する方法を提供する。本発明は多くの利点を提供する。例えば、本発明の方法は、患者の全ＭＨＣ分子拘束性の多数の突然変異を、一度に迅速に評価し得、患者の突然変異反応性Ｔ細胞の全レパートリーを同定し得る。更に、本発明の方法は、免疫原性がん突然変異を、（ａ）がん特異的サイレント突然変異（突然変異アミノ酸配列をコードしない）及び（ｂ）非免疫原性アミノ酸配列をコードするがん特異的突然変異と区別することにより、ＴＣＲ又はその抗原結合部分によって標的とされ得る１以上のがん特異的突然変異アミノ酸配列を同定し得る。更に、本発明は、患者に特有のがん特異的突然変異によってコードされる突然変異アミノ酸配列に対し抗原特異性を有するＴＣＲ又はその抗原結合部分を提供し得、それにより、患者のがんを治療又は予防するのに有用であり得る、「個人向け」のＴＣＲ又はその抗原結合部分を提供する。本発明の方法はまた、例えばｃＤＮＡライブラリーを用いるもの等の、がん抗原を同定する従来の方法における固有の技術的バイアスを回避し得、それらの方法よりも時間と労力が少ない場合もある。例えば、本発明の方法は、Ｔ細胞と、特に上皮がん（例）に関して作製が困難であり得る腫瘍細胞株とを共培養することなく、突然変異応答性Ｔ細胞を選択し得る。特定の理論又はメカニズムには縛られないが、本発明の方法は、正常な非がん性細胞の破壊を最少化又は回避し、それによって毒性を低減又は除去しつつ、がん細胞の破壊を目的とするＴＣＲ又はその抗原結合部分を同定及び単離し得ると考えられる。従って、本発明はまた、例えば、化学療法単独、外科手術又は放射線等の他のタイプの治療に反応しないがん等のがんを、首尾よく治療又は予防するＴＣＲ又はその抗原結合部分を提供し得る。
【０００８】
該方法は、それぞれの遺伝子が、突然変異アミノ酸配列をコードするがん特異的突然変異を含有する、患者のがん細胞の核酸中の１以上の遺伝子を同定することを含み得る。がん細胞は、腫瘍細胞又はがん細胞を含有するか、又は含有することが予想される患者由来の任意の身体試料から得られ得る。身体試料は、血液、原発腫瘍から若しくは転移腫瘍から得られた組織サンプル等の任意の組織サンプル、又は腫瘍若しくはがん細胞を含有する他の任意のサンプルであり得る。がん細胞の核酸は、ＤＮＡであってもＲＮＡであってもよい。
【０００９】
がん特異的突然変異を同定するために、該方法は、正常な非がん性細胞のＤＮＡ又はＲＮＡ等の核酸を配列決定し、がん細胞の配列を正常な非がん性細胞の配列と比較すること
を更に含み得る。正常な非がん性細胞は、患者又は異なる個体から得られ得る。
【００１０】
がん特異的突然変異は、突然変異アミノ酸配列（「非サイレント突然変異」とも言われる）をコードし、がん細胞において発現するが、正常の非がん性細胞ではしない任意の遺伝子における任意の突然変異であり得る。本発明の方法において同定され得るがん特異的突然変異の非限定的な例としては、ミスセンス、ナンセンス、挿入、欠失、重複、フレームシフト及びリピート伸長変異（ｒｅｐｅａｔｅｘｐａｎｓｉｏｎｍｕｔａｔｉｏｎ）が挙げられる。本発明の一実施形態においては、該方法は、突然変異アミノ酸配列をコードするがん特異的突然変異を含有する、少なくとも１の遺伝子を同定することを含む。しかし、本発明の方法を用いて同定され得る、かかるがん特異的突然変異を含有する遺伝子の数は限定されず、１超（例えば、約２、約３、約４、約５、約１０、約１１、約１２、約１３、約１４、約１５、約２０、約２５、約３０、約４０、約５０、約６０、約７０、約８０、約９０、約１００、約１５０、約２００、約４００、約６００、約８００、約１０００、約１５００、約２０００若しくはそれ以上、又は上記の値のうちの任意の２つによって規定される範囲）の遺伝子が挙げられ得る。同様に、本発明の一実施形態においては、該方法は、突然変異アミノ酸配列をコードする、少なくとも１のがん特異的突然変異を同定することを含む。しかし、本発明の方法を用いて同定され得る、かかるがん特異的突然変異の数は限定されず、１超（例えば、約２、約３、約４、約５、約１０、約１１、約１２、約１３、約１４、約１５、約２０、約２５、約３０、約４０、約５０、約６０、約７０、約８０、約９０、約１００、約１５０、約２００、約４００、約６００、約８００、約１０００、約１５００、約２０００若しくはそれ以上、又は上記の値のうちの任意の２つによって規定される範囲）のがん特異的突然変異が挙げられ得る。１超のがん特異的突然変異が同定される実施形態においては、がん特異的突然変異は、同一の遺伝子又は異なる遺伝子中に位置し得る。
（【００１１】以降は省略されています）

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