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公開番号2024052195
公報種別公開特許公報(A)
公開日2024-04-11
出願番号2022158748
出願日2022-09-30
発明の名称情報処理プログラム、情報処理方法、および情報処理装置
出願人富士通株式会社
代理人個人
主分類G16C 20/50 20190101AFI20240404BHJP(特定の用途分野に特に適合した情報通信技術)
要約【課題】分子の結合長、結合角、および、回転角の少なくともいずれかを変化させる場合に、当該分子に含まれる原子の座標を適切に変更すること。
【解決手段】情報処理装置100は、結合長の変化に応じて座標を変更する対象となる、モデル110の球111a,111b,111c,111dが示す2以上の原子の選択を受け付ける。情報処理装置100は、球111a,111b,111c,111dが示す2以上の原子の選択を受け付けた際、球111aが示す原子と、球111eが示す原子との結合長の変化量の指定を受け付ける。情報処理装置100は、棒112aeが示す結合軸に沿った単位ベクトルと、結合長の変化量とに基づいて、座標空間における、球111a,111b,111c,111dが示す2以上の原子のそれぞれの原子の座標を変更する。
【選択図】図1
特許請求の範囲【請求項1】
所定の座標空間に存在する対象の分子を形成する複数の原子のうち1以上の原子の選択を受け付け、
前記選択を受け付けた前記1以上の原子に含まれる第1の原子と前記1以上の原子に含まれず前記第1の原子に接続する第2の原子との結合長と、前記第1の原子と前記第2の原子とを結合する第1の結合軸と前記第2の原子と前記1以上の原子に含まれず前記第2の原子に接続する第3の原子とを結合する第2の結合軸とが成す結合角と、前記第2の結合軸に対する前記第2の原子の回転角と、の少なくともいずれかの変化量の指定に応じて、前記座標空間における、前記結合長を変化させる前記第1の原子と前記第2の原子との座標間の単位ベクトルと、前記結合角を変化させる前記第1の結合軸と前記第2の結合軸とが成す面に対する法線ベクトルと、前記回転角を変化させる前記第2の原子の回転行列と、の少なくともいずれかに基づいて、前記座標空間における、前記1以上の原子のそれぞれの原子の座標を、第1の座標から第2の座標に変更する、
処理をコンピュータに実行させることを特徴とする情報処理プログラム。
続きを表示(約 2,100 文字)【請求項2】
前記変更する処理は、
前記結合長の第1の変化量の指定に応じて、前記1以上の原子のそれぞれの原子の前記第1の座標を、当該原子の前記第1の座標から前記第1の変化量を乗算した前記単位ベクトル分移動した先である前記第2の座標に変更する、ことを特徴とする請求項1に記載の情報処理プログラム。
【請求項3】
前記変更する処理は、
前記結合角の第2の変化量の指定に応じて、前記第2の変化量と、前記第2の原子の座標から前記第3の原子の座標へのベクトルと、前記法線ベクトルとに基づいて、前記第2の原子の座標から前記結合角の変化後の前記第1の原子の前記第2の座標への第1のベクトルを特定し、前記第1の原子の前記第1の座標を、前記第1の原子の前記第1の座標から特定した前記第1のベクトル分移動した先の前記第2の座標に変更し、前記1以上の原子が、前記第1の原子以外の原子を含めば、前記結合角の変化前後の前記第1の原子の前記第1の座標から前記第2の座標への第2のベクトルを特定し、前記1以上の原子のうち前記第1の原子以外のそれぞれの原子の前記第1の座標を、当該原子の前記第1の座標から特定した前記第2のベクトル分移動した先の前記第2の座標に変更する、ことを特徴とする請求項1に記載の情報処理プログラム。
【請求項4】
前記変更する処理は、
前記回転角の第3の変化量の指定に応じて、前記第1の原子の前記第1の座標を、前記第1の原子の前記第1の座標に前記第3の変化量に対応する前記回転行列を乗算した前記第2の座標に変更し、前記1以上の原子が、前記第1の原子以外の原子を含めば、前記回転角の変化前後の前記第1の原子の前記第1の座標から前記第2の座標への第3のベクトルを特定し、前記1以上の原子のうち前記第1の原子以外のそれぞれの原子の前記第1の座標を、当該原子の前記第1の座標から特定した前記第3のベクトル分移動した先の前記第2の座標に変更する、ことを特徴とする請求項1~3のいずれか一つに記載の情報処理プログラム。
【請求項5】
前記対象の分子のうち、前記変化量の指定各々に応じて、前記1以上の原子のそれぞれの原子の座標を、前記第1の座標から前記第2の座標に変更した変更後の、各々の前記対象の分子に対して、前記対象の分子のポテンシャルエネルギーをそれぞれ算出し、
算出した複数の前記ポテンシャルエネルギーに基づいて、前記対象の分子のポテンシャルエネルギー曲線を生成する、
処理を前記コンピュータに実行させることを特徴とする請求項1~3のいずれか一つに記載の情報処理プログラム。
【請求項6】
所定の座標空間に存在する対象の分子を形成する複数の原子のうち1以上の原子の選択を受け付け、
前記選択を受け付けた前記1以上の原子に含まれる第1の原子と前記1以上の原子に含まれず前記第1の原子に接続する第2の原子との結合長と、前記第1の原子と前記第2の原子とを結合する第1の結合軸と前記第2の原子と前記1以上の原子に含まれず前記第2の原子に接続する第3の原子とを結合する第2の結合軸とが成す結合角と、前記第2の結合軸に対する前記第2の原子の回転角と、の少なくともいずれかの変化量の指定に応じて、前記座標空間における、前記結合長を変化させる前記第1の原子と前記第2の原子との座標間の単位ベクトルと、前記結合角を変化させる前記第1の結合軸と前記第2の結合軸とが成す面に対する法線ベクトルと、前記回転角を変化させる前記第2の原子の回転行列と、の少なくともいずれかに基づいて、前記座標空間における、前記1以上の原子のそれぞれの原子の座標を、第1の座標から第2の座標に変更する、
処理をコンピュータが実行することを特徴とする情報処理方法。
【請求項7】
所定の座標空間に存在する対象の分子を形成する複数の原子のうち1以上の原子の選択を受け付け、
前記選択を受け付けた前記1以上の原子に含まれる第1の原子と前記1以上の原子に含まれず前記第1の原子に接続する第2の原子との結合長と、前記第1の原子と前記第2の原子とを結合する第1の結合軸と前記第2の原子と前記1以上の原子に含まれず前記第2の原子に接続する第3の原子とを結合する第2の結合軸とが成す結合角と、前記第2の結合軸に対する前記第2の原子の回転角と、の少なくともいずれかの変化量の指定に応じて、前記座標空間における、前記結合長を変化させる前記第1の原子と前記第2の原子との座標間の単位ベクトルと、前記結合角を変化させる前記第1の結合軸と前記第2の結合軸とが成す面に対する法線ベクトルと、前記回転角を変化させる前記第2の原子の回転行列と、の少なくともいずれかに基づいて、前記座標空間における、前記1以上の原子のそれぞれの原子の座標を、第1の座標から第2の座標に変更する、
制御部を有することを特徴とする情報処理装置。

発明の詳細な説明【技術分野】
【0001】
本発明は、情報処理プログラム、情報処理方法、および情報処理装置に関する。
続きを表示(約 2,000 文字)【背景技術】
【0002】
従来、新薬または新材料の開発のため、対象の分子のポテンシャルエネルギー曲線(PEC:Potential Energy Curve)を生成することが望まれる。例えば、対象の分子が取り得る、それぞれ原子の座標が異なる複数の状態を生成し、それぞれの状態の対象の分子のポテンシャルエネルギーを算出することにより、PECを生成することが考えられる。
【0003】
先行技術としては、例えば、指定化合物Xを固定剛体単位と移動剛体単位とに分割し、ランダムに選択する特定移動距離で、移動剛体単位を平行移動するものがある。
【先行技術文献】
【特許文献】
【0004】
特開2003-206246号公報
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【0005】
しかしながら、従来技術では、対象の分子が取り得る複数の状態を特定することが難しい場合がある。例えば、対象の分子のある状態から、結合長、結合角、および、回転角の少なくともいずれかを変化させ、対象の分子が取り得る複数の状態を生成しようとする場合に、対象の分子に含まれる原子の座標を適切に変更することが難しい。
【0006】
1つの側面では、本発明は、分子の結合長、結合角、および、回転角の少なくともいずれかを変化させる場合に、当該分子に含まれる原子の座標を適切に変更することを目的とする。
【課題を解決するための手段】
【0007】
1つの実施態様によれば、所定の座標空間に存在する対象の分子を形成する複数の原子のうち1以上の原子の選択を受け付け、前記選択を受け付けた前記1以上の原子に含まれる第1の原子と前記1以上の原子に含まれず前記第1の原子に接続する第2の原子との結合長と、前記第1の原子と前記第2の原子とを結合する第1の結合軸と前記第2の原子と前記1以上の原子に含まれず前記第2の原子に接続する第3の原子とを結合する第2の結合軸とが成す結合角と、前記第2の結合軸に対する前記第2の原子の回転角と、の少なくともいずれかの変化量の指定に応じて、前記座標空間における、前記結合長を変化させる前記第1の原子と前記第2の原子との座標間の単位ベクトルと、前記結合角を変化させる前記第1の結合軸と前記第2の結合軸とが成す面に対する法線ベクトルと、前記回転角を変化させる前記第2の原子の回転行列と、の少なくともいずれかに基づいて、前記座標空間における、前記1以上の原子のそれぞれの原子の座標を、第1の座標から第2の座標に変更する情報処理プログラム、情報処理方法、および情報処理装置が提案される。
【発明の効果】
【0008】
一態様によれば、分子の結合長、結合角、および、回転角の少なくともいずれかを変化させる場合に、当該分子に含まれる原子の座標を適切に変更することが可能になる。
【図面の簡単な説明】
【0009】
図1は、実施の形態にかかる情報処理方法の一実施例を示す説明図である。
図2は、情報処理システム200の一例を示す説明図である。
図3は、情報処理装置100のハードウェア構成例を示すブロック図である。
図4は、情報処理装置100の機能的構成例を示すブロック図である。
図5は、座標データ500を取得する一例を示す説明図である。
図6は、パターンファイル700を取得する一例を示す説明図(その1)である。
図7は、パターンファイル700を取得する一例を示す説明図(その2)である。
図8は、対象の分子を形成する原子の座標を変更する第1の例を示す説明図である。
図9は、対象の分子を形成する原子の座標を変更する第2の例を示す説明図である。
図10は、対象の分子を形成する原子の座標を変更する第3の例を示す説明図である。
図11は、PECを生成する一例を示す説明図である。
図12は、第1受付処理手順の一例を示すフローチャートである。
図13は、第2受付処理手順の一例を示すフローチャートである。
図14は、第3受付処理手順の一例を示すフローチャートである。
図15は、全体処理手順の一例を示すフローチャートである。
図16は、第1変更処理手順の一例を示すフローチャートである。
図17は、第2変更処理手順の一例を示すフローチャートである。
図18は、第3変更処理手順の一例を示すフローチャートである。
【発明を実施するための形態】
【0010】
以下に、図面を参照して、本発明にかかる情報処理プログラム、情報処理方法、および情報処理装置の実施の形態を詳細に説明する。
(【0011】以降は省略されています)

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